Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...caaaggtacatgtgcatttgcatttgtattctctttatatttcatatgttaactataggttgcagcaactaatatatttcatatggtcttatggttgtagATGTTGCCGATGAAAGGTTTAACAGCTTCTGGTCATGTCTTGAAGACAATGAAGAAGAAATGAAAGAATCTTGCATCACTATGGCGGACTCCGACTAA
Basic information
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.atgttaactataggttgcagcaactaatatatttcatatggtcttatggttgtagATGTTGCCGATGAAAGGTTTAACAGCTTCTGGTCATGTCTTGAAGACAATGAAGAAGAAATGAAAGAATCTTGCATCACTATGGCGGACTCCGACTAA
aactaat putative branch site (score: 2)
aactaatatatttcat TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
caaaggtacatgtgcatttgcatttgtattctctttatatttcatatgttaactataggttgcagcaactaatatatttcatatggtcttatggttgtagATGTTGCCGATGAAAGGTTTAACAGCTTCTGGTCATGTCTTGAAGACAATGAAGAAGAAATGAAAGAATCTTGCATCACTATGGCGGACTCCGACTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - -gtgcatt
- - - - - - tgcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caactaa