1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctatataacttccaagtttcaatcacacttgtaatccaacttctaccatttgtgttcaatatagatttcttctatacctaattttgtcttacccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACACCCAAATTCAGCTGCCACCTACATAAACGTAGCTATGATGGAAGAAGGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G892758_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATTGAAATGGCTCTAAA GTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACAEST: gi|211396987|gb|FL123374.1|FL123374
genomic: CATTGAAATGGCTCTAAAgtaagtatgg ... acccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACA
EST: CATTGAAATGGCTCTAAA GTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACAEST: gi|211396984|gb|FL123371.1|FL123371
genomic: CATTGAAATGGCTCTAAAgtaagtatgg ... acccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACA
EST: CATTGAAATGGCTCTAAA GTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACAEST: gi|6564224|gb|AW231846.1|AW231846
genomic: CATTGAAATGGCTCTAAAgtaagtatgg ... acccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACA
EST: GATTTATCTGTCTTCTACTACCGCCTTCAACACATTGAAATGGCTCTAAA GTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACA
genomic: GATTTATCTGTCTTCTACTACCGCCTTCAACACATTGAAATGGCTCTAAAgtaagtatgg ... acccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACA
ccatttgtgttcaatatagatttcttctatacctaattttgtcttacccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACACCCAAATTCAGCTGCCACCTACATAAACGTAGCTATGATGGAAGAAGGC
gtcttac putative branch site (score: 180)
ttttgtcttaccctt CT-rich tract
ttcaatatagattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatataacttccaagtttcaatcacacttgtaatccaacttctaccatttgtgttcaatatagatttcttctatacctaattttgtcttacccttgaagGTATGTCAACCGTGCGCTATATCTGCTTCAGTTTTCATGTGGGCTTTCACACCCAAATTCAGCTGCCACCTACATAAACGTAGCTATGATGGAAGAAGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - aatcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgtt