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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaagatgaactgtgaatgatatttctactgctgccaaatcttaaagcactggtacgaccacctggctctgttgctgaaaactcttatgatgccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G451366_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211228900|gb|FK998494.1|FK998494
EST:     CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAAAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211226852|gb|FK998492.1|FK998492
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|91869089|gb|EB400264.1|EB400264
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211228910|gb|FK998504.1|FK998504
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAT                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211228908|gb|FK998502.1|FK998502
EST:     CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|91052384|gb|EB162802.1|EB162802
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211226848|gb|FK998488.1|FK998488
EST:     CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211226850|gb|FK998490.1|FK998490
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|148957547|gb|EC903641.2|EC903641
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211228906|gb|FK998500.1|FK998500
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211226842|gb|FK998482.1|FK998482
EST:     CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|101402114|gb|EB822664.1|EB822664
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211226846|gb|FK998486.1|FK998486
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211078056|gb|FL217285.1|FL217285
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211228907|gb|FK998501.1|FK998501
EST:     CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|149084005|gb|EE173399.2|EE173399
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|148934012|gb|EC878017.2|EC878017
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCC
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCC
EST: gi|149109140|gb|EE190033.2|EE190033
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|71326877|gb|DR800096.1|DR800096
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211228909|gb|FK998503.1|FK998503
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211228901|gb|FK998495.1|FK998495
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAA-CAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|211226849|gb|FK998489.1|FK998489
EST:     CTCCGCCCTCGTCGTGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAACTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|148933788|gb|EC877732.2|EC877732
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|50335646|gb|CO530772.1|CO530772
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGA
EST: gi|71440389|gb|DR821439.1|DR821439
EST:     CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAG                         AGTACCTGGTGGAGNNNNNNNCAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCG
genomic: CTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAG-AAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 68

AATCACCACGCCGCGGTGCTCCCGCTCCCTGCCGGCGCAGACCTCTCCCGCTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 70

AATCACCACGCCGCGGTGCTCCCGCTCCCTGCCGGCGCAGACCTCTCCCGCTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 134

AATCACCACGCCGCGGTGCTCCCGCTCCCTGCCGGCGCAGACCTCTCCCGCTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 78

AATCACCACGCCGCGGTGCTCCCGCTCCCTGCCGGCGCAGACCTCTCCCGCTCCGCCCTCGTCGCGCCGCTCCTCGACCTTCCGCTCTCCTTCCTCAGAGgtcagttcac ... gccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcactggtacgaccacctggctctgttgctgaaaactcttatgatgccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG
                                            tgccttctc  CT-rich tract
                                      ttatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaagatgaactgtgaatgatatttctactgctgccaaatcttaaagcactggtacgaccacctggctctgttgctgaaaactcttatgatgccttctcagAGTACCTGGTGGAGAAAAAACAGCTGGGGGGATTGCTCATTTTGCTCCCGACAAACCAGGGTGATAAGGATAGTGCGGATGACAAGGGTCAAGTCAAAGG

- -gatgaac
- - - - - -gtgaatg
- - - - - - - - - - - - - actgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcactgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgaaa