Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cctggtgggtttatattctgtggtgttttgtaatggcgatatatttactgacgaattttgtgtgaattgtttcactggggtcttggtatctcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAATGAGCAGCATAGGCACAGGTTATGATCTGTCTGTCACCACCTTCTCTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G445100_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G445100_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g59600.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
cctggtgggtttatattctgtg-gtgttttgtaatggcgatatatttactgacgaattttgtgtgaattgtttcactggggtcttggtatctcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAATGAGCAGCATAGGCACAGGTTATGATCTGTCTGTCACCACCTTCTCTCC------------------------------
                  || | |   | ||   ||    | | |||  |||   |||  ||||| ||        |||  | | |  | ||  |    ||  ||  | || |  |     | | |   || | ||  | ||   ||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||                              
------------------tgagcgcagtatggggtgatcttctgttt--tgattgatt--gtgtggatg-------tggattatagacagctaatccttag-ggttttttcgtgttttcttcag-gagtagATAACACAGAATAGTTGAAGATGAGCAGCATAGGCACAGGATACGATCTGTCCGTTACCACCTTCTCTCCGGATGGTCGCGTCTTCCAGGTTGAGTATGC

upper sequence: GRMZM2G445100_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g59600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
cctggtgggtttatattctgtggtgttttgtaatggcgatatatt-tactgacgaattttgtgtgaattgtttcactggggtcttggtatctcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAATGAGCAGCATAGGCACAGGTTATGATCTGTCTGTCACCACCTTCTCTCC------------------------
              |||     | |   | |   || ||| |  | |  |||   |||  ||||| ||        |||  | | |  | ||  |    ||  ||  | || |  |     | | |   || | ||  | ||   ||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||                        
-------------cattgctgagcgcagtatgg-ggtgatcttctgttttgattgatt--gtgtggatg-------tggattatagacagctaatccttag-ggttttttcgtgttttcttcag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211180327|gb|FL182353.1|FL182353
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|32943089|gb|CF047908.1|CF047908
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAGCCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|14244669|gb|BG842607.2|BG842607
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182740|gb|FL182371.1|FL182371
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182731|gb|FL182362.1|FL182362
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|101395687|gb|EB819772.1|EB819772
EST:     GATGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|76920636|gb|DV168267.1|DV168267
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|71327687|gb|DR800461.1|DR800461
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|94477249|gb|EB706207.1|EB706207
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|91875551|gb|EB405508.1|EB405508
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|32936925|gb|CF041744.1|CF041744
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAGCCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211180328|gb|FL182354.1|FL182354
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211180329|gb|FL182355.1|FL182355
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182737|gb|FL182368.1|FL182368
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTT-ACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|91877663|gb|EB407620.1|EB407620
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|30087257|gb|CB885465.1|CB885465
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|94477126|gb|EB706084.1|EB706084
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182728|gb|FL182359.1|FL182359
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211185138|gb|FL182375.1|FL182375
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTANAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182732|gb|FL182363.1|FL182363
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211185136|gb|FL182373.1|FL182373
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211180330|gb|FL182356.1|FL182356
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182739|gb|FL182370.1|FL182370
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|93013911|gb|EB639431.1|EB639431
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182730|gb|FL182361.1|FL182361
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182735|gb|FL182366.1|FL182366
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182733|gb|FL182364.1|FL182364
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182738|gb|FL182369.1|FL182369
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211185137|gb|FL182374.1|FL182374
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211185139|gb|FL182376.1|FL182376
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182741|gb|FL182372.1|FL182372
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211180331|gb|FL182357.1|FL182357
EST:     CTGGGGTGCTGCGCCGCTCKTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: CTGGGGTGCTGCGCCGCTC-TCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|29130771|gb|CB381475.1|CB381475
EST:     GCTGGGG-GCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGNNNNNNNCCTTGACA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACG-AAAAAACCTTGACA
EST: gi|9952528|gb|BE639111.1|BE639111
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182727|gb|FL182358.1|FL182358
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182736|gb|FL182367.1|FL182367
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|60398256|gb|DN231072.1|DN231072
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182734|gb|FL182365.1|FL182365
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
EST: gi|211182729|gb|FL182360.1|FL182360
EST:     GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAG                         TAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA
genomic: GCTGGGGTGCTGCGCCGCTCTCACCTTCACCGCCGACGAGCATTCACAAGgtacgccagc ... tcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactgacgaattttgtgtgaattgtttcactggggtcttggtatctcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAATGAGCAGCATAGGCACAGGTTATGATCTGTCTGTCACCACCTTCTCTCC
 tactgac  putative branch site (score: 1)
                                           tctcgttt  putative PPT
        aattttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cctggtgggtttatattctgtggtgttttgtaatggcgatatatttactgacgaattttgtgtgaattgtttcactggggtcttggtatctcgtttgcagTAGTGGTCTCTTACTGGTGGCGGCGTAGAGGTGACGAAAAAACCTTGACAATGAGCAGCATAGGCACAGGTTATGATCTGTCTGTCACCACCTTCTCTCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
cctggtg
- - - - - - - - - tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tactgac