1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gatacctttgtttatcctttctgctgtagatgcactctgagactcttgagtgtttggcatgatccctgcttaacacaatattaaaattgtgacagagaagATGGTAAACTGAGTTGTGGATACTCAAGTTTTAGAGGGAAGAGAGCTACAATGGAGGATTTCTATGATGTAAAACTAACTGAAATTGATGGACAAGCTAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G442404_T04 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGTGCCCCAGGCGCACGATGGTGGCTACGCCAGCGGCGGATGGGAGAGAGAAG
genomic: CCGTGCCCCAGGCGCACGATGGTGGCTACGCCAGCGGCGGAT--G-G-GAG-AGgtaacgtttg ... gacaga
ttgagtgtttggcatgatccctgcttaacacaatattaaaattgtgacagagaagATGGTAAACTGAGTTGTGGATACTCAAGTTTTAGAGGGAAGAGAGCTACAATGGAGGATTTCTATGATGTAAAACTAACTGAAATTGATGGACAAGCTAT
gcttaac putative branch site (score: 142)
ttaacacaatattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatacctttgtttatcctttctgctgtagatgcactctgagactcttgagtgtttggcatgatccctgcttaacacaatattaaaattgtgacagagaagATGGTAAACTGAGTTGTGGATACTCAAGTTTTAGAGGGAAGAGAGCTACAATGGAGGATTTCTATGATGTAAAACTAACTGAAATTGATGGACAAGCTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - -tctgctg
- - - - - - - - - - - - - - gatgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacacaa