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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcctatagcttgaatgatgaatgttgaatgctgctgccttgaatttagatttagactgttgtgaggtgttgttgaatgctaatgagcatatctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G351582_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211353774|gb|FL303048.1|FL303048
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGC-TGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATTGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|37424637|gb|CF650051.1|CF650051
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|149027382|gb|EE046514.2|EE046514
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|211351366|gb|FL303031.1|FL303031
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATTGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|88755472|gb|DY539613.1|DY539613
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|149058050|gb|EE156735.2|EE156735
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|211351371|gb|FL303036.1|FL303036
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATTGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|87152120|gb|DY396909.1|DY396909
EST:     CGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGAGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: CGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|211353775|gb|FL303049.1|FL303049
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|211353769|gb|FL303043.1|FL303043
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATTGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|211353768|gb|FL303042.1|FL303042
EST:     TCCCCCTCGGCCCCTCCTCCCATCC-TGGTGCGNCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAAT
genomic: TCCCCCTCGGCCCCTCCTCC-ATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAAT
EST: gi|211351372|gb|FL303037.1|FL303037
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
EST: gi|148996196|gb|EE035468.2|EE035468
EST:     GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAG                         GTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA
genomic: GTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 308

GTGCAGGCGACCGCGGCGCGCTATCACTTACGGGGGGATACGGCGGCATCGTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 175

GTGCAGGCGACCGCGGCGCGCTATCACTTACGGGGGGATACGGCGGCATCGTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 168

GTGCAGGCGACCGCGGCGCGCTATCACTTACGGGGGGATACGGCGGCATCGTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 207

GTGCAGGCGACCGCGGCGCGCTATCACTTACGGGGGGATACGGCGGCATCGTCCCCCTCGGCCCCTCCTCCATCCCTGGTGCGGCGGCGCCAGCCTGCAGgtacggtgaa ... atctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagatttagactgttgtgaggtgttgttgaatgctaatgagcatatctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG
                                tgctaat  putative branch site (score: 207)
                                            tatctct  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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agcctatagcttgaatgatgaatgttgaatgctgctgccttgaatttagatttagactgttgtgaggtgttgttgaatgctaatgagcatatctctgcagGTGTTGAATGCTGATTTGTTGTGGCTGATTAATCGGGTTGATCGTCGATTAATCGTGATTAGTCGGCTGATCGCCCTTCTGGCGATCAGAAACGATAAGG

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- - - - - - - - - - - - -tgaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - gctgctg
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