1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgtacaatttttatttcattaaaacatagacaattttactgattttacgtggcaggcttacaagtttgcttatatttggggtgtattgttttttgggtagGAGCAACTGGGAAAACTTCGTGAAGAAAATGGGTCTCTTAAAAGAAGCTTGGAGAGCTGTAAGGCAGTTTCAGCCAATTCTAAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G339499_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tacgtggcaggcttacaagtttgcttatatttggggtgtattgttttttgggtagGAGCAACTGGGAAAACTTCGTGAAGAAAATGGGTCTCTTAAAAGAAGCTTGGAGAGCTGTAAGGCAGTTTCAGCCAATTCTAAT
ggcttac putative branch site (score: 3)
ttgtttttt putative PPT
tattgtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtacaatttttatttcattaaaacatagacaattttactgattttacgtggcaggcttacaagtttgcttatatttggggtgtattgttttttgggtagGAGCAACTGGGAAAACTTCGTGAAGAAAATGGGTCTCTTAAAAGAAGCTTGGAGAGCTGTAAGGCAGTTTCAGCCAATTCTAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - -tttcatt
- - - - - - - - - - -aaacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -actgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaggct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtattg