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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttaccacggtcctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtgcctccgtcgattacctcgaactgactcggctcggttcgatttcgaccgaccgccgggcgccggccgatgcacggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCGCCGCTCGGCGACGAGGCCGTGGCCGCCGTCGTCGCGCACGCCTTCCGCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G176903_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


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EST: gi|91877439|gb|EB407396.1|EB407396
EST:     CCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAG                         GTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCG
genomic: CCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCG
EST: gi|211214526|gb|FL383467.1|FL383467
EST:     CCGCCATGCCGCA-GTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAG                         GTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACC
genomic: CCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACC
EST: gi|60401458|gb|DN234265.1|DN234265
EST:     GGCACCCAGGGGCTTGAG                         GTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCG
genomic: GGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 100

CGGCAGCCTTCGACCCCCGACTGCAGCCGCCAGCCGCGCCATGGAGCAAGCCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCGCCGCTCGGCGACGAGGCCGTGGCCGCCGTCGTCGCGCACGCCTTCCGCC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 37

CGGCAGCCTTCGACCCCCGACTGCAGCCGCCAGCCGCGCCATGGAGCAAGCCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCGCCGCTCGGCGACGAGGCCGTGGCCGCCGTCGTCGCGCACGCCTTCCGCC


Block sizes: 49 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 16

CGGCAGCCTTCGACCCCCGACTGCAGCCGCCAGCCGCGCCATGGAGCAAGCCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCGCCGCTCGGCGACGAGGCCGTGGCCGCCGTCGTCGCGCACGCCTTCCGCC


Block sizes: 45 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 75

CGGCAGCCTTCGACCCCCGACTGCAGCCGCCAGCCGCGCCATGGAGCAAGCCGCCATGCCGCAGGTTCCCCGCGTCAAGCTCGGCATCCAGGGGCTTGAGgtgagttacc ... acggatgcagGTGTCGAAGCTGGGGTTCGGGTGCATGGGGCTCACGGGCACCTACAACGCGCCGCTCGGCGACGAGGCCGTGGCCGCCGTCGTCGCGCACGCCTTCCGCC