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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaactggctctggcctctggctgcagcacctgcatctgcatgcacgcactaccgcgtgccactcttcacagatcttcgacatgcatgcgtaccgtacgtacgtgtggtcgccagtcgccacgctcacactttgccttgtttctgtgtgtatggccgcgtccgcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G175398_T05
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149009131|gb|EE041271.2|EE041271
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|78074052|gb|DV502486.1|DV502486
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|148956242|gb|EC902037.2|EC902037
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|71331922|gb|DR802850.1|DR802850
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
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EST: gi|74234919|gb|DT642833.1|DT642833
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|76936968|gb|DV174985.1|DV174985
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|149060840|gb|EE157292.2|EE157292
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|149014062|gb|EE043587.2|EE043587
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|148951497|gb|EC897224.2|EC897224
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|71326960|gb|DR800138.1|DR800138
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|148994440|gb|EE034086.2|EE034086
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|149040121|gb|EE046772.2|EE046772
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|76912519|gb|DV164772.1|DV164772
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|71426301|gb|DR807351.1|DR807351
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|149109762|gb|EE293554.2|EE293554
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|76290210|gb|DV029778.1|DV029778
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|89762338|gb|DY689969.1|DY689969
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         T-G-G-TTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|148971193|gb|EE022048.2|EE022048
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|148944101|gb|EC889186.2|EC889186
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|89756293|gb|DY686368.1|DY686368
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|88756556|gb|DY540697.1|DY540697
EST:     CTTTCGCCCGCCTGCACCACCCCAAGGGCCGCCGCCCAGGAACGGGCAAG                         TAATGGTTGGGATGATGGGCGCCG
genomic: CTT-CGCCCGCCTGCACCACCGCA-GGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCG
EST: gi|78075667|gb|DV504101.1|DV504101
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|148969474|gb|EE020288.2|EE020288
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
EST: gi|76293348|gb|DV032916.1|DV032916
EST:     CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAG                         TAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA
genomic: CTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 35 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 12

TCAACCTCCTCCTGCTCGTCGGCTACCTCCTGCTCGTCCTCCTCGCCAAGCTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA


Block sizes: 43 (upstream exon), 21 (downstream exon)
Score: 4

TCAACCTCCTCCTGCTCGTCGGCTACCTCCTGCTCGTCCTCCTCGCCAAGCTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA


Block sizes: 33 (upstream exon), 17 (downstream exon)
Score: 1

TCAACCTCCTCCTGCTCGTCGGCTACCTCCTGCTCGTCCTCCTCGCCAAGCTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA


Block sizes: 43 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 3

TCAACCTCCTCCTGCTCGTCGGCTACCTCCTGCTCGTCCTCCTCGCCAAGCTCTTCGCCCGCCTGCACCACCGCAGGGCCGCCGCCGAGGACCGGGCAAGgtaaactggc ... gcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccacgctcacactttgccttgtttctgtgtgtatggccgcgtccgcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA
    cgctcac  putative branch site (score: 3)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaactggctctggcctctggctgcagcacctgcatctgcatgcacgcactaccgcgtgccactcttcacagatcttcgacatgcatgcgtaccgtacgtacgtgtggtcgccagtcgccacgctcacactttgccttgtttctgtgtgtatggccgcgtccgcgtgcacagTAGTGGTTGGTATGATGGCCGCCGCTGCGACCACCGCCGCCGCCGCGCGGAAGCCACGGCCACCGATGACGAAGAGTACGCCGCCGCGGATACCGTCGAA

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