Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtaaacaatggtactgccagctttgcccaaattaacaaacaaagagcgtttttagaactaaagatatatcacacatgttatatatatggtacacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAGCGGGCAGCAGAAGCTGGATTGTGAACTTAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G164134_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211185059|gb|FL063081.1|FL063081
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGC-ACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211065990|gb|FL060697.1|FL060697
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|74238314|gb|DT646228.1|DT646228
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211187456|gb|FL063085.1|FL063085
EST:     GGTGATGGTGCCCATCA-CATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211065986|gb|FL060693.1|FL060693
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|50332588|gb|CO527714.1|CO527714
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211187457|gb|FL063086.1|FL063086
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|88755784|gb|DY539925.1|DY539925
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211065991|gb|FL060698.1|FL060698
EST:     NGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCCGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|40334415|gb|CK368485.1|CK368485
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211187459|gb|FL063088.1|FL063088
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211185057|gb|FL063079.1|FL063079
EST:     GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
EST: gi|211187455|gb|FL063084.1|FL063084
EST:     GGTGAWGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGARCTG                         TGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG
genomic: GGTGATGGTGCCCATCACCATCCTCAAGTCCGCTGTTAGCGACGGAGCTGgtacgcacat ... acacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcgtttttagaactaaagatatatcacacatgttatatatatggtacacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAGCGGGCAGCAGAAGCTGGATTGTGAACTTAGAG
          aactaaa  putative branch site (score: 2)
                           acatgttatatatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaacaatggtactgccagctttgcccaaattaacaaacaaagagcgtttttagaactaaagatatatcacacatgttatatatatggtacacacgcagTGTGCATGGATGGAACGCCACCTGCTTACCACTTGGATCCTGGCTCCGGAGCGGGCAGCAGAAGCTGGATTGTGAACTTAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- aaacaat
- - - - - -tactgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtta