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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgcaagttttagcaggccacgcccccgccgcgttcttggcttgtgttttagcagacaagttaatgcctgcgtgatcggtgctctgcttgttcttgcagTCGCGGCCTTGGGGAATCTCTACAGCTCCTGGAACAGCCCGGCGCAGCTCACCGGCTGGTCCGCCAGCGGCGGCGACCCCTGCGGCGCTGCGTGGGCGGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G162531_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G162531_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g42800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtattgcaagttttagcaggccacgcc--cccgccgcgttcttggcttgtgttttagcagacaagtta-atgcctgcgtgatcggtgctctgctt---gttcttgcagTCGCGGCCTTGGGGAATCTCTACAGCTCCTGGAACAGCCCGGCGCAGCTCACCGGCTGGTCCGCCAGCGGCGGCGACCCCTGCGGCGCTGCGTGGGCGGG
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gtaatatcaattgcagcat-tcaccccaagttcttggtttcttggaatgcgtgcgtactgtttgatgatatgtctgcacggatgatcagttgcttttggttcttgcagCCGCGGCGCTGGGGAATCTGTACTCCTCCTGGAATAGCCCGGCTCAGCTCACCGGCTGGTCGGCCGGCGGCGGCGACCCTTGCGGTGCCGCGTGGATGGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttttagcagacaagttaatgcctgcgtgatcggtgctctgcttgttcttgcagTCGCGGCCTTGGGGAATCTCTACAGCTCCTGGAACAGCCCGGCGCAGCTCACCGGCTGGTCCGCCAGCGGCGGCGACCCCTGCGGCGCTGCGTGGGCGGG
              agttaat  putative branch site (score: 4)
                                     ctctgcttgttctt  putative PPT
             aagttaat  TA-rich tract