1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttaagcaataccccccctccgagacatcggaatgctccaaggatttcatggctctcgtttgcatcgatctgatcctgtattggccgtttgcgtgttcagAGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATCTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G161988_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTCCATCCTTGCTGATACCGAAGACCTCTGCTCCCTCTCCCCTCTCCAG AGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATCEST: gi|71426648|gb|DR807698.1|DR807698
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EST: ACTCCATCCTTGCTGATACCGAGGACCTCTGCTCCCTCTCCCCCCTCCAG AGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATCEST: gi|211367190|gb|FL206093.1|FL206093
genomic: ACTCCATCCTTGCTGATACCGAAGACCTCTGCTCCCTCTCCCCTCTCCAGgttaagcaat ... gcgtgttcagAGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATC
EST: ACTCCATCCTTGCTGATACCGAGGACCTCTGCTCCCTCTCCCCCCTCCAG AGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATCEST: gi|211364541|gb|FL206092.1|FL206092
genomic: ACTCCATCCTTGCTGATACCGAAGACCTCTGCTCCCTCTCCCCTCTCCAGgttaagcaat ... gcgtgttcagAGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATC
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genomic: ACTCCATCCTTGCTGATACCGAAGACCTCTGCTCCCTCTCCCCTCTCCAGgttaagcaat ... gcgtgttcagAGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATC
ttcatggctctcgtttgcatcgatctgatcctgtattggccgtttgcgtgttcagAGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATCTTG
atctgat putative branch site (score: 55)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttaagcaataccccccctccgagacatcggaatgctccaaggatttcatggctctcgtttgcatcgatctgatcctgtattggccgtttgcgtgttcagAGGATCTACGCCTTCGCGGCATGTTTGGTGGCCGGACTCACCCTCATGATCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG