1 5' 3' |
...actgctttctgggtaatgggggtaacagcagggcaaccaaagtttgcttaggttggagcaaagaagggttatgaaccacactgaagttttgtgcgtccagGATGAAGTGGAGATGGATGGTCGGGTGGTGGAGCAGAAAGGGCGGATGACTGCGGTGGCGGTGGAGATCCGGAAGAAGGAATCCGGCGAGCTGGTGGCCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G157824_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gcttaggttggagcaaagaagggttatgaaccacactgaagttttgtgcgtccagGATGAAGTGGAGATGGATGGTCGGGTGGTGGAGCAGAAAGGGCGGATGACTGCGGTGGCGGTGGAGATCCGGAAGAAGGAATCCGGCGAGCTGGTGGCCA
ttatgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actgctttctgggtaatgggggtaacagcagggcaaccaaagtttgcttaggttggagcaaagaagggttatgaaccacactgaagttttgtgcgtccagGATGAAGTGGAGATGGATGGTCGGGTGGTGGAGCAGAAAGGGCGGATGACTGCGGTGGCGGTGGAGATCCGGAAGAAGGAATCCGGCGAGCTGGTGGCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- tgctttc
- - - - - - - - - - - - acagcag
- - - - - - - - - - - - - - - - -caaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cactgaa