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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtgccgtcggctccacctctggctcgcgcccttgcttgccgccgctgccgccgcgattggcgcctaacctcggtgtcgtgtttttcttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCTCCGGTGAGCTCGCCTGCACCTACGCCGCCCTCATCCTCAGCGACGACGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G157443_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211042138|gb|FL385016.1|FL385016
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211529784|gb|FL373525.1|FL373525
EST:     CCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: CCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211507235|gb|FL422061.1|FL422061
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTNCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211407702|gb|FL252167.1|FL252167
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTG                         CAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGA
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGA
EST: gi|211014153|gb|FL393610.1|FL393610
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211151701|gb|FL395047.1|FL395047
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|9794508|gb|BE552816.1|BE552816
EST:     CAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: CAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211038599|gb|FL345810.1|FL345810
EST:     CTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: CTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211407700|gb|FL252165.1|FL252165
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTG                         CAGAGGTCGCAGATCCG
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCG
EST: gi|211376384|gb|FL377804.1|FL377804
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGABCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211298275|gb|FL361776.1|FL361776
EST:     AGCCTCCACCCTCCTGCGCCTCCACCCTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTG                         CAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211102283|gb|FL386869.1|FL386869
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTG                         CAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211235863|gb|FL372783.1|FL372783
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTG                         CAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211406019|gb|FL414976.1|FL414976
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
EST: gi|211307145|gb|FL392851.1|FL392851
EST:     AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCT-                         --GAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT
genomic: AGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 886

CAAGCACCTATATTATGTCCACCCACGCCGCCTCCCTCCGAAACCCTAGAAGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCTCCGGTGAGCTCGCCTGCACCTACGCCGCCCTCATCCTCAGCGACGACGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 806

CAAGCACCTATATTATGTCCACCCACGCCGCCTCCCTCCGAAACCCTAGAAGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCTCCGGTGAGCTCGCCTGCACCTACGCCGCCCTCATCCTCAGCGACGACGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 772

CAAGCACCTATATTATGTCCACCCACGCCGCCTCCCTCCGAAACCCTAGAAGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCTCCGGTGAGCTCGCCTGCACCTACGCCGCCCTCATCCTCAGCGACGACGG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 335

CAAGCACCTATATTATGTCCACCCACGCCGCCTCCCTCCGAAACCCTAGAAGCCTCCACCCTCCAGCGCCTCCACCTTCCTCGCCGCCTCACTCCCTCTGgtacgtgccg ... cttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCTCCGGTGAGCTCGCCTGCACCTACGCCGCCCTCATCCTCAGCGACGACGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccgctgccgccgcgattggcgcctaacctcggtgtcgtgtttttcttttcttagCAGAGGTCGCAGATCCGTCCGGTTAGACGAAGCCGCCCGCACCCATGGCCTCCGGTGAGCTCGCCTGCACCTACGCCGCCCTCATCCTCAGCGACGACGG
                     gcctaac  putative branch site (score: 335)
                                   tcgtgtttttcttttc  putative PPT
                                        tttttcttttctta  TA-rich tract