Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgttgaagaaatcaatggatttctctagttgatgtttatcttgtgtggatacaatcatacaaatcctttgagttgtctcagttttctcatgtgtttgcagAGTTCGATGCTCTGTCGGGAAGCAAGATAGCTTCTATTGACCTTGGTGCCCGTGTTGTTCGTATGGCATATAGCCCTACAACTAGTCATGTTGTCATTGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G150772_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G150772_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os09g24260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
--tgttgaagaaatcaatggatttctctagttgatgtttatcttgtgtggatacaat-catacaaatcctttgagttgtctcagttttctcatgtgtttgcagAGTTCGATGCTCTGTCGGGAAGCAAGATAGCTTCTATTGACCTTGGTGCCCGTGTTGTTCGTATGGCATATAGCCCTACAACTAGTCATGTTGTCATTGC
  | || |   ||| ||  |  | || |||||  |  |||| || | || |||  || |||     || | |   || ||    | ||||||| |||||||||| || |||||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||
agtattaacacaataaa--ggctactgtagttagttgttattttct-tgcatatgatgcattgttgtcttctttattatccacatcttctcatttgtttgcagAATTTGATGCATTGACTGGAAGCAAGATAGCTTCGATTGACCTTGGAGCTCGTGTTGTTCGTATGGCATATAGCCCTACTGCTAGTCACATTGTCATTGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggatacaatcatacaaatcctttgagttgtctcagttttctcatgtgtttgcagAGTTCGATGCTCTGTCGGGAAGCAAGATAGCTTCTATTGACCTTGGTGCCCGTGTTGTTCGTATGGCATATAGCCCTACAACTAGTCATGTTGTCATTGC
           atacaaat  TA-rich tract