ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtaagctgttcgctcctttgccgcctcctctactgcgcacggttcgcgtgcttgccctgcccctgcgtgcctgatgccgtgctcacgtcatccatcgggatcgggatggtgtttcccccccgctctctctccctctcccagGACCTCGCGTTCAACTGGCGGGTGGTGGTCGCCACCGTCGTCGGGTTCCTCGGTTCCGCGTTTGGCACCGTCGGCGGCGTCGGCGGAGGCGGGATCTTCG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G149576_T02
intron #	1
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G149576_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g51650.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1

gtaagctgttcgctcctttgccgcctcctctactgcgcacggttcgcgtgcttgccctgcccctgcgtgcctgatgccgtgctcacgtcatccatcgggatcgggatggtgtttcccccccgctctctctccctctcccagGACCTCGCGTTCAACTGGCGGGTGGTGGTCGCCACCGTCGTCGGGTTCCTCGGTTCCGCGTTTGGCACCGTCGGCGGCGTCGGCGGAGGCGGGATCTTCG
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Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211463999|gb|FL174252.1|FL174252

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EST: gi|93282425|gb|EB674689.1|EB674689

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EST: gi|149106424|gb|EE188313.2|EE188313

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EST: gi|149081528|gb|EE170664.2|EE170664

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EST: gi|78111899|gb|DV530296.1|DV530296

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EST: gi|71763997|gb|DR961934.1|DR961934

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EST: gi|211471578|gb|FL174285.1|FL174285

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EST: gi|78088725|gb|DV517118.1|DV517118

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EST: gi|211077286|gb|FL187277.1|FL187277

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EST: gi|71770713|gb|DR968650.1|DR968650

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atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcatccatcgggatcgggatggtgtttcccccccgctctctctccctctcccagGACCTCGCGTTCAACTGGCGGGTGGTGGTCGCCACCGTCGTCGGGTTCCTCGGTTCCGCGTTTGGCACCGTCGGCGGCGTCGGCGGAGGCGGGATCTTCG

                    tggtgtttcccccccg  CT-rich tract

Data associated with selected splice site

Sequence

Basic information

Orthologous splice sites

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments