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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccgtcccacctacctccgccgcctcctcctcctactgccatgcttagtttcgtttttctgactgacatttcgatgttgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G148744_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


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EST:     CCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATG                         GTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT
genomic: CCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATGgtccgtccca ... tgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT
EST: gi|211460575|gb|FL238920.1|FL238920
EST:     CCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATG                         GTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT
genomic: CCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATGgtccgtccca ... tgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 704

CCGCCGCCGCCTCGGTGCCTCCTCGCTTCGAAGTGTTCGTGCGAAGGCGACCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATGgtccgtccca ... tgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 398

CCGCCGCCGCCTCGGTGCCTCCTCGCTTCGAAGTGTTCGTGCGAAGGCGACCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATGgtccgtccca ... tgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 448

CCGCCGCCGCCTCGGTGCCTCCTCGCTTCGAAGTGTTCGTGCGAAGGCGACCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATGgtccgtccca ... tgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 259

CCGCCGCCGCCTCGGTGCCTCCTCGCTTCGAAGTGTTCGTGCGAAGGCGACCCTCCCTCCTTCGCTCCTTCCGCGCCGCCTCCCGGCCGTCGCCGCCATGgtccgtccca ... tgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctactgccatgcttagtttcgtttttctgactgacatttcgatgttgcgtcgcagGTGAAGTACTCGCAGGAGCCGGGCAACCCTACCAAGT
                            gactgac  putative branch site (score: 259)
            ttagttt  TA-rich tract