Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggatactggacctcttggtctgtcttccaatttccctcggcatgttctgcttgttttttttttcttgatctggccttccttgccggctttcttggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146374_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G146374_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
gtaaggatactggacctcttggtctgtct-tccaatttccctcggcatgttctgcttgttttttttttcttgatctggccttccttgccggctttcttggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA
    ||||  ||      ||  | |   | | | | ||    |||  ||        |    || ||  |  ||||| |  | |  |   |  |  ||||    | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||   |||||||  || || ||  | || |||   || |
----ggattgtgttgtgattacttttcttgttcgaattggtgcggtttggggaatcggcaagttgttgttgtatctgacgattcaagaatgtgtgattgg----gtagGATGATGAGTGACTACAAGGTCGAGATGGTGAATGATGGAATGAGCGAATTCTATGTGGAGTTTCATGGACCGCGTGAGA

upper sequence: GRMZM2G146374_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ23672 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
--------------gtaaggatactggacctcttggtctgtcttccaatttccctcggcatgttctgcttgttttttttttcttgatctggcc-ttccttgccggctttcttggcatcgca------------gGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA
               |   || | |  |  || |  |  |   |||| |  |  |    |   |||  || ||   ||| |     ||||    ||| ||||    | | || || || ||            |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | || ||    || || ||| | || ||    || |
gtgagtctcgcctcctctcga-atttcaattccttcttcgctctccagtggctatgaaaaacctctctttcttcgctttcttcctctctgctaattcattgcttcttctttttgcttcccattcctctttccagGATGATGAGTGACTACAAGGTGGAGATGGTAAACGATGGGATGAACGAGTTTAATGTGGAGTTCCATGGACCTCGGGATA

upper sequence: GRMZM2G146374_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ34378 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
--------------gtaaggatactggacctcttggtctgtcttccaatttccctcggcatgttctgcttgttttttttttcttgatc-tggccttccttgccggctttc---ttggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA
               |   || | |  |  || |  |  |   |||| |   ||||    | |||   || ||  | | | ||   || | || |    |    |||| |   |   | |  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | || ||    || || ||| | || ||    || |
gtgagtctcgcctcctctcga-atttcaattccttcttcgctctccagtggacctctctttcttcgctttcttcctctctgctaattcattgcttcttctttttgcttcccattcctctttccagGATGATGAGTGACTACAAGGTGGAGATGGTAAACGATGGGATGAACGAGTTTAATGTGGAGTTCCATGGACCTCGGGATA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33285799|gb|CF075594.1|CF075594
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|60400981|gb|DN233788.1|DN233788
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|440773|gb|T14794.1|T14794
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|31364283|gb|CD448638.1|CD448638
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|38229847|gb|CF920160.1|CF920160
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32911553|gb|CF016365.1|CF016365
EST:     TGCAAGATGTCGCCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGGTGCAGGAGTT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|34391369|gb|CF384597.1|CF384597
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211536458|gb|FL178297.1|FL178297
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211536457|gb|FL178296.1|FL178296
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32944457|gb|CF049276.1|CF049276
EST:     TGTAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|440687|gb|T14708.1|T14708
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         NATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|33285782|gb|CF075577.1|CF075577
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|71325319|gb|DR799337.1|DR799337
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|453315|gb|T15289.1|T15289
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211073942|gb|FL168131.1|FL168131
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|31628353|gb|CD526566.1|CD526566
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211536455|gb|FL178294.1|FL178294
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32910699|gb|CF015511.1|CF015511
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32856672|gb|CD996353.1|CD996353
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGACATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|33771123|gb|CF272784.1|CF272784
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|38229799|gb|CF920112.1|CF920112
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211073944|gb|FL168133.1|FL168133
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32856545|gb|CD996226.1|CD996226
EST:     TGCAAGGTGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|71432138|gb|DR813188.1|DR813188
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|71769127|gb|DR967064.1|DR967064
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|83278687|gb|DV942695.1|DV942695
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32856738|gb|CD996419.1|CD996419
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211536461|gb|FL178300.1|FL178300
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211073937|gb|FL168126.1|FL168126
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACC-TATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211073943|gb|FL168132.1|FL168132
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|32912993|gb|CF017805.1|CF017805
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|78082922|gb|DV511315.1|DV511315
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211536462|gb|FL178301.1|FL178301
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211539455|gb|FL178302.1|FL178302
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGAT-CAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211536459|gb|FL178298.1|FL178298
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|211073941|gb|FL168130.1|FL168130
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
EST: gi|511342|gb|T23320.1|T23320
EST:     TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCT                         GATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT
genomic: TGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 256

AGGCGAGGAGCGGAGCGGAGAGGAGGGCCCTTCTGCTTGTTTCTCCGCTTTGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 532

AGGCGAGGAGCGGAGCGGAGAGGAGGGCCCTTCTGCTTGTTTCTCCGCTTTGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 714

AGGCGAGGAGCGGAGCGGAGAGGAGGGCCCTTCTGCTTGTTTCTCCGCTTTGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 339

AGGCGAGGAGCGGAGCGGAGAGGAGGGCCCTTCTGCTTGTTTCTCCGCTTTGCAAGATGTCGTCCCCGAGCAAGCGCCGCGAGATGGACCTTATGAAGCTgtaaggatac ... ggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttgttttttttttcttgatctggccttccttgccggctttcttggcatcgcagGATGATGAGCGACTACAAGGTGGAGATGGTGAACGACGGGATGCAGGAATTCTTCGTCGAATTCAAGGGCCCGGCCGAAA
              tcttgat  putative branch site (score: 339)
                                      ctttcttg  putative PPT
     ttttttttttcttgat  TA-rich tract