1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atctaagaacttttcgaagtaaatggaaagatgacgtatatttcagtattcaccgaagttattcttcagtttttaactcaattcatgattattatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGCTGAAGAAAGGCATTTGTTCTCAGTTGGTTTCAAGAACACTATTGGAGC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G145213_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|22935751|gb|BU572026.1|BU572026
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|74234408|gb|DT642322.1|DT642322
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|211368301|gb|FL143994.1|FL143994
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGASSGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|211368297|gb|FL143990.1|FL143990
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGA-SGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|74240176|gb|DT648090.1|DT648090
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|211365651|gb|FL143989.1|FL143989
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|211368299|gb|FL143992.1|FL143992
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|71302156|gb|DR787186.1|DR787186
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|5566988|gb|AI881899.1|AI881899
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|31353761|gb|CD438118.1|CD438118
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: AAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCTTCTC-GAGAGGAACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|20300796|gb|BQ163739.1|BQ163739
genomic: AAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGC-AGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTG-GCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|78093195|gb|DV521569.1|DV521569
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|67020921|gb|CO449670.1|CO449670
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|101382257|gb|EB813184.1|EB813184
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|44681886|gb|CK786934.1|CK786934
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|71448133|gb|DR829183.1|DR829183
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|211368298|gb|FL143991.1|FL143991
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGA-CGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGEST: gi|71444597|gb|DR825647.1|DR825647
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
EST: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACG ATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
genomic: GAAGCTCGTGTGCCTGGCCAAGCTTGCCGAGCAGGCGGAGCGGTACGACGgtgagggatc ... attatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTG
gtattcaccgaagttattcttcagtttttaactcaattcatgattattatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGCTGAAGAAAGGCATTTGTTCTCAGTTGGTTTCAAGAACACTATTGGAGC
ttttaac putative branch site (score: 124)
aattcatgattattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atctaagaacttttcgaagtaaatggaaagatgacgtatatttcagtattcaccgaagttattcttcagtttttaactcaattcatgattattatgtcagATATGGTGGAATTCATGAAGAATCTTGCTAGGATGGACGTGGATATGAGTGCTGAAGAAAGGCATTTGTTCTCAGTTGGTTTCAAGAACACTATTGGAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - -gaagtaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attcatg