Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctctatgtatgtatatatacatagtcttatgtagttaaagattttaatacttatcttaactagcaaagcactattgtaactaaatattttagttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGACCTTCCAGTGAATGCATCAGCCACAGATAAATCCAAGCCTCAGAAACTGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143525_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89756149|gb|DY686295.1|DY686295
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|38687506|gb|CK144537.1|CK144537
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|93015209|gb|EB640729.1|EB640729
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|211391281|gb|FL329720.1|FL329720
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|211222710|gb|FL341063.1|FL341063
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|211346651|gb|FL306887.1|FL306887
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|71437404|gb|DR818454.1|DR818454
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|89758511|gb|DY687667.1|DY687667
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|211240154|gb|FL362209.1|FL362209
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|71434586|gb|DR815636.1|DR815636
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|211530904|gb|FL308303.1|FL308303
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|213188322|gb|FM193827.1|FM193827
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|211337725|gb|FL339275.1|FL339275
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|13558525|gb|BG549881.1|BG549881
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAAGTGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGA
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAA-TGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGA
EST: gi|211047375|gb|FL359876.1|FL359876
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCA-TGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|84976652|gb|DW475074.1|DW475074
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
EST: gi|50323087|gb|CO518213.1|CO518213
EST:     ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATG                         ATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC
genomic: ATCCTTGGAAGCCCACGTGTTTGTACTACACCCAGGGCAAATGCACAATGgtgagattgc ... agttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatacttatcttaactagcaaagcactattgtaactaaatattttagttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGACCTTCCAGTGAATGCATCAGCCACAGATAAATCCAAGCCTCAGAAACTGG
                                aactaaa  putative branch site (score: 2)
                                               ttcttc  putative PPT
                          tattgtaactaaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctctatgtatgtatatatacatagtcttatgtagttaaagattttaatacttatcttaactagcaaagcactattgtaactaaatattttagttcttcagATGAATGATGCAATGCATCTGGAGAAGTTCAGTCACAATTTGAAGATGGACCTTCCAGTGAATGCATCAGCCACAGATAAATCCAAGCCTCAGAAACTGG

- - atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactaaa