1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agattttttttcgagtgctgctttataaatctcagctatttgtttttgtattttcaatcatctgtcctgatcttgtttctcatattgtgtaacgagacagACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAATCCAGTGGAAGAAGGAAGCAAGACTTGTGATGTTAATTCTGGTCACAAAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G138425_T03 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTATGACTTGAGTGACATGCCTCCTGGAACCAAG ACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAATEST: gi|78104410|gb|DV522828.1|DV522828
genomic: AACTATGACTTGAGTGACATGCCTCCTGGAACCAAGgtacacgaat ... aacgagacagACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAAT
EST: ATACTTTCTTCTGCAACTATGACTTGAGTGACATGCCTCCTGGAACCAAG ACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAAT
genomic: ATACTTTCTTCTGCAACTATGACTTGAGTGACATGCCTCCTGGAACCAAGgtacacgaat ... aacgagacagACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAAT
ttgtattttcaatcatctgtcctgatcttgtttctcatattgtgtaacgagacagACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAATCCAGTGGAAGAAGGAAGCAAGACTTGTGATGTTAATTCTGGTCACAAAT
gtgtaac putative branch site (score: 113)
ttttcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agattttttttcgagtgctgctttataaatctcagctatttgtttttgtattttcaatcatctgtcctgatcttgtttctcatattgtgtaacgagacagACTTTCGTGCGGCAAAAGGTCACTCTCTCCCCCTCTGCCTTGCCTTCTAATCCAGTGGAAGAAGGAAGCAAGACTTGTGATGTTAATTCTGGTCACAAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - gctgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcctg