1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gattgtcctgactctcccctggaattaggtgtcgacgactgatgacatgctcaattatttgaatttctgctgatatgctgtgagagttgtgttgtttcagACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCATTTCACCCAGGCGGGTCATCTTCAGCATTCAGACCCTGCCGAGTGGCATAAGCTGCAGGAGGTGGAGGTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G128658_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACCCGGTCAGCGGCCGCGCCCACAGCCGCGTCGCAGGCGTTTGCCTTCG ACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCAEST: gi|78125571|gb|DV543955.1|DV543955
genomic: GACCCGGTCAGCGGCCGCGCCCACAGCCGCGTCGCAGGCGTTTGCCTTCGgtgagcttgc ... gttgtttcagACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCA
EST: GCCCACAGCCGCGTCGCAGGCGTTTGCCTTCG ACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCATTTCACCCAGGCGGGTCATCT
genomic: GCCCACAGCCGCGTCGCAGGCGTTTGCCTTCGgtgagcttgc ... gttgtttcagACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCATTTCACCCAGGCGGGTCATCT
catgctcaattatttgaatttctgctgatatgctgtgagagttgtgttgtttcagACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCATTTCACCCAGGCGGGTCATCTTCAGCATTCAGACCCTGCCGAGTGGCATAAGCTGCAGGAGGTGGAGGTC
tgctgat putative branch site (score: 13)
ttgtttc putative PPT
tcaattatttgaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gattgtcctgactctcccctggaattaggtgtcgacgactgatgacatgctcaattatttgaatttctgctgatatgctgtgagagttgtgttgtttcagACTGGGGATGATTGACAAGGCGCGGAGGCATTTCACCCAGGCGGGTCATCTTCAGCATTCAGACCCTGCCGAGTGGCATAAGCTGCAGGAGGTGGAGGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- -tgtcctg
- - - - - - - - ccctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgctg