1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aatgatacatagtacctgttttcatacatcttcttgctagcaccttgattatgagattataactgtactatcatggatttactaactcaattatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCATACTCTTCAGAAGATGCCCGAGGCTTGCTTAAAGCTGCTATTAGGGATC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G128121_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAG TGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCAEST: gi|211386006|gb|FL329690.1|FL329690
genomic: TGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
EST: TTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAG TGTTATGCAGCTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCAEST: gi|78180140|gb|DV550513.1|DV550513
genomic: TTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
EST: AACACTCACAG TGTTATGCAGCTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCAEST: gi|6859967|gb|AW355961.1|AW355961
genomic: AACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
EST: CAACACTCACAG TGTTATGCAGCTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
genomic: CAACACTCACAGgtttgtcaga ... ttatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCA
tgattatgagattataactgtactatcatggatttactaactcaattatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCATACTCTTCAGAAGATGCCCGAGGCTTGCTTAAAGCTGCTATTAGGGATC
tactaac putative branch site (score: 232)
taactcaattatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgatacatagtacctgttttcatacatcttcttgctagcaccttgattatgagattataactgtactatcatggatttactaactcaattatatgcagTGTTATGCAGTTTGGTTTGCACATGTTCCAGGACTTAAGGTTCTCACACCATACTCTTCAGAAGATGCCCGAGGCTTGCTTAAAGCTGCTATTAGGGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - -ctgtttt
- - - - - - - - - - - catacat
- - - - - - - - - - - - - - - ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactcaa