1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgagcagccgaggctcgggctctcctggttttgctcgcctttcgagtctcgagtctctcggccgggggtggtttcatgcgttggatttgacgggtgtttcgttgccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCTGTGGTCGCTCAAATCCACCACCAAGACAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G125455_T03 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAA GGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCEST: gi|149111914|gb|EE191070.2|EE191070
genomic: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAAgtgagcagcc ... gccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
EST: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAA GGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCEST: gi|148946893|gb|EC892173.2|EC892173
genomic: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAAgtgagcagcc ... gccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
EST: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAA GGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCEST: gi|89755956|gb|DY686179.1|DY686179
genomic: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAAgtgagcagcc ... gccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
EST: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAA GGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCEST: gi|71448211|gb|DR829261.1|DR829261
genomic: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAAgtgagcagcc ... gccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
EST: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAA GGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCEST: gi|71437609|gb|DR818659.1|DR818659
genomic: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAAgtgagcagcc ... gccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
EST: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAA GGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
genomic: GCTCCTCCTTAGCTCCTTGGTTCCCACCTCCGCGTCCTCGTACCCCGCAAgtgagcagcc ... gccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGC
cggccgggggtggtttcatgcgttggatttgacgggtgtttcgttgccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCTGTGGTCGCTCAAATCCACCACCAAGACAG
atttgac putative branch site (score: 4)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcagccgaggctcgggctctcctggttttgctcgcctttcgagtctcgagtctctcggccgggggtggtttcatgcgttggatttgacgggtgtttcgttgccatcgcagGGGTCGTGAGCGGGTTCCTCTCCAATGCGGCGTCGGCGGTGGTGAAGCGGCTGTGGTCGCTCAAATCCACCACCAAGACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC