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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggagatgggtttggtggttagtacccgttgcgtgagtagtttctctgtgaattcacggtcttgacaaattttggcttgtttatgttttttttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGGAAGCCACTGCTGTATGGAATCGGCACCCTGTTGGTCATGCCACTGAGGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G120300_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G120300_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os09g34100.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tggagatgggt--ttggtggttagtacccgttgcgtga--gtagtttctctgtgaattcacggtcttgacaaattttggcttgtttatgttttttttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGGAAGCCACTGCTGTATGGAATCGGCACCCTGTTGGTCATGCCACTGAGGA
  ||  |||||  ||| | | |   |   |||| ||||   |||  | ||| ||||||||  ||   ||    |   |  |||||| |  | ||   || |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  || ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||
-agaattgggtatttgattgctga-attagttgtgtgatgatagagt-tctatgaattcagagttgggatggctgacga-ttgtttgttgtgttgggtttgcagATCAGAGGGCAGCCGTCGTTGCTGCCAAGCGTGCGCAAGGAATGGCTTGGCAAGCCGCTGCTGTACGGAATCGGCACGCTGCTCGTCATGCCTCTGAGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211007079|gb|FL215825.1|FL215825
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211007081|gb|FL215827.1|FL215827
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAA-CGTGCGGAA-CAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|78086882|gb|DV515275.1|DV515275
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|149112938|gb|EE295731.2|EE295731
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211009850|gb|FL215839.1|FL215839
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|74238485|gb|DT646399.1|DT646399
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211009849|gb|FL215838.1|FL215838
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|78113025|gb|DV531419.1|DV531419
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|94473809|gb|EB702767.1|EB702767
EST:     TGTGGGGCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TGTGGC-CTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|148939665|gb|EC884322.2|EC884322
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|148957405|gb|EC903461.2|EC903461
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211007084|gb|FL215830.1|FL215830
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|149075909|gb|EE164468.2|EE164468
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211009851|gb|FL215840.1|FL215840
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGTTGCTCCTCCTCCTCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|27522113|gb|CA989219.1|CA989219
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|76286961|gb|DV026529.1|DV026529
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|89758697|gb|DY687784.1|DY687784
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|78125192|gb|DV543576.1|DV543576
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|89755748|gb|DY686053.1|DY686053
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211007083|gb|FL215829.1|FL215829
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|76912679|gb|DV164844.1|DV164844
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211007078|gb|FL215824.1|FL215824
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|93282109|gb|EB674373.1|EB674373
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211009846|gb|FL215835.1|FL215835
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|149103112|gb|EE288479.2|EE288479
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|149026716|gb|EE046118.2|EE046118
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|76929251|gb|DV171925.1|DV171925
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211007082|gb|FL215828.1|FL215828
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|211007086|gb|FL215832.1|FL215832
EST:     TTGTGGTCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
EST: gi|91048227|gb|EB158645.1|EB158645
EST:     TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACG                         ATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG
genomic: TTGTGGCCTCCTCCCTCCCGCGCTGCTCCTCCTCCGCCGCCGCCCCCACGgtcgcccttc ... tttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtgaattcacggtcttgacaaattttggcttgtttatgttttttttttggcagATGAGGGGGCAGCCGTCCTTGCTGCCAAGCGTGCGGAAGCAATGGCCCGGGAAGCCACTGCTGTATGGAATCGGCACCCTGTTGGTCATGCCACTGAGGA
              tcttgac  putative branch site (score: 3)
                                  tttatgtttttttttt  putative PPT
                               ttgtttatgttttttt  TA-rich tract