1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaccggctctccctccctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcccatgactaggaaattcttctctttcgcccctgttgctaggatctctaatttgcgctctttacgtgcgcccgttggctgggccggctgtgcagATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCACTACGAGATTTGGCGCCTCGTCACTAACTTCCTCTACTTCCGCAAGATGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G112609_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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genomic: GCTCCTACCTCACCGCCGCTGTCGTCACCACCGTCGGCTGCACCCTCGAAgtaccggctc ... ggctgtgcagATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCAC
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genomic: GCTCCTACCTCACCGCCGCTGTCGTCACCACCGTCGGCTGCACCCTCGAAgtaccggctc ... ggctgtgcagATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCAC
EST: GCTCCTACCTCACCGCCGCTGTCGTCACCACCGTCGGCTGCACCCTCGAA ATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCAC
genomic: GCTCCTACCTCACCGCCGCTGTCGTCACCACCGTCGGCTGCACCCTCGAAgtaccggctc ... ggctgtgcagATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCAC
aggatctctaatttgcgctctttacgtgcgcccgttggctgggccggctgtgcagATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCACTACGAGATTTGGCGCCTCGTCACTAACTTCCTCTACTTCCGCAAGATGG
ctctaat putative branch site (score: 224)
tctaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccggctctccctccctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcccatgactaggaaattcttctctttcgcccctgttgctaggatctctaatttgcgctctttacgtgcgcccgttggctgggccggctgtgcagATCATTTCGCCGTATCACCTGTACCTTAACCCGAAGCTCGTGGTGCAGCACTACGAGATTTGGCGCCTCGTCACTAACTTCCTCTACTTCCGCAAGATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG