1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaccacctctgtattcgtgtgtttcacgctataccctagcaatgggtccttgcggattgttgacccccctcggggtgcgtacagCTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGGAGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G108919_T03 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGACGGCGCTGACGTTGATATGGCCGCCGCCGGGGACGACGCGGCGAAG CTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGCAAGEST: gi|211180712|gb|FL314038.1|FL314038
genomic: TGGACGGCGCTGACGTTGATATGGCCGCCGCCGGGGACGACGCGGCGAAGgtaccacctc ... gtgcgtacagCTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGGAGG
EST: TGGACGGCGCTGACGTTGATATGGCCGCCGCCGGGGACGACGCGGCGAAG CTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGCAAGEST: gi|211270122|gb|FL340668.1|FL340668
genomic: TGGACGGCGCTGACGTTGATATGGCCGCCGCCGGGGACGACGCGGCGAAGgtaccacctc ... gtgcgtacagCTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGGAGG
EST: GGACGGCGCTGACGTTGATATGGCCGCCGCCGGGGACGACGCGGCGAACG -TTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAA-STGANAGGAGATGCAAG
genomic: GGACGGCGCTGACGTTGATATGGCCGCCGCCGGGGACGACGCGGCGAA-Ggtaccacctc ... gtgcgtacagCTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGA-AGGAGATGGAGG
tataccctagcaatgggtccttgcggattgttgacccccctcggggtgcgtacagCTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGGAGG
tgttgac putative branch site (score: 341)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccacctctgtattcgtgtgtttcacgctataccctagcaatgggtccttgcggattgttgacccccctcggggtgcgtacagCTTCAGGAGCTTGACGAGATGAAGCGCAAGCTGAAGGAGATGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG