1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tattgacaaaaatatcttactctaataagcggtctggtggtaggctctttttgagaaagttcccggttaatactcaaaaatcgtttgtgttgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107309_T08 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGG ATMCAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAGEST: gi|113813387|gb|DW929798.1|DW929798
genomic: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGGgtatgtacct ... tgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
EST: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGG ATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGEST: gi|31356978|gb|CD441335.1|CD441335
genomic: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGGgtatgtacct ... tgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTG
EST: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGG ATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAGEST: gi|71445686|gb|DR826736.1|DR826736
genomic: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGGgtatgtacct ... tgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
EST: GTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGG ATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAGEST: gi|71449896|gb|DR830946.1|DR830946
genomic: GTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGGgtatgtacct ... tgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
EST: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGG ATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAGEST: gi|91050278|gb|EB160696.1|EB160696
genomic: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGGgtatgtacct ... tgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
EST: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGG ATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
genomic: CTGCTAGCTGGTTCCTCAAATGGAAGATTGTTGGTGATACTTGAGGGAGGgtatgtacct ... tgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
tctttttgagaaagttcccggttaatactcaaaaatcgtttgtgttgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
ggttaat putative branch site (score: 46)
ttgtcct putative PPT
ttaatactcaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattgacaaaaatatcttactctaataagcggtctggtggtaggctctttttgagaaagttcccggttaatactcaaaaatcgtttgtgttgtcctacagATACAATCTCCGGTCGATATCCTCATCAGCTACTGAAGTTGTTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
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