1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atttgcttgatcaaactctcgtactaactattaagtgaatcataaatgtgcatgtgttaagtcagattgttgtattgacatggtctctttctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGGAACATATTCTGCTCAATTCAGGGGAGCCACATGGAAATGGATCTTTTA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G107111_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAG GTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGEST: gi|148965358|gb|EE016161.2|EE016161
genomic: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAGgtgactttgc ... ctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
EST: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAG GTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGEST: gi|71431734|gb|DR812784.1|DR812784
genomic: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAGgtgactttgc ... ctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
EST: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAG GTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGEST: gi|31356623|gb|CD440980.1|CD440980
genomic: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAGgtgactttgc ... ctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
EST: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAG GTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGEST: gi|91873039|gb|EB402996.1|EB402996
genomic: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAGgtgactttgc ... ctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
EST: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAG GTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGEST: gi|78104177|gb|DV522595.1|DV522595
genomic: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAGgtgactttgc ... ctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
EST: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAG GTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
genomic: GGTCGAGTCCTGCTTCACCATATATTCCTCCGCTCCCTCGTCACAACCAGgtgactttgc ... ctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATG
atgtgcatgtgttaagtcagattgttgtattgacatggtctctttctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGGAACATATTCTGCTCAATTCAGGGGAGCCACATGGAAATGGATCTTTTA
ttctaat putative branch site (score: 18)
tctctttct CT-rich tract
tctttctaattata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atttgcttgatcaaactctcgtactaactattaagtgaatcataaatgtgcatgtgttaagtcagattgttgtattgacatggtctctttctaattatagGTGCATGGATTTGGTGGCAATGATTTATTTGATGATATGGTCCAAGAGATGGAACATATTCTGCTCAATTCAGGGGAGCCACATGGAAATGGATCTTTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- -tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - gtgaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgacatg