Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actcaaccatattgttgatgcaatttggtgtagttgctttctgtcactttattcattaagttcttgatgaaacagctgatagtatttttcttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTGGCAGATTGGCCCCCCGTACTCGTTCTCGTGATTTAGAATATCTCTTCGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099317_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099317_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
actcaaccatattgttgatgcaatttggt----gtagttgctttctgtcactttattcattaagttcttgatgaaacagctgatagtatttttcttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTGGCAGATTGGCCCCCCGTACTCGTTCTCGTGATTTAGAATATCTCTTCGG--
  || || | | ||| |||     || ||    ||| |     ||  ||   | ||||||||  || |  ||   || | || || | ||  | ||||   ||||||||  ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| || |  |||| ||||||||||||||  ||||||| |  ||| |  
--tccacta-actgtagatcttcatttgtaccagtattcatcctccttccaatcattcattagattttgaatagtactgatg-tatttttgctgttgtcttcagGAGAT--GCCGCGCTATGATGATCGTTATGGAAGCACGCGCTTGTATGTTGGTAGACTGTCTTCCCGCACTCGTTCTCGTGACCTAGAATACCATTTCAGCA

upper sequence: GRMZM2G099317_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g17710.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
actcaaccatat-tgttgatgcaatttggtgtagttgctttctgtcactt-tattcattaagttcttgatgaaacagctgatagtatttttcttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTGGCAGATTGGCCCCCCGTACTCGTTCTCGTGATTTAGAATATCTCTTCGG--
|||  || ||   | |    |||| |     | | |  |||| |||| |  |||||||||  || ||||  |||   |||||  |  ||| ||| ||       || |||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||| ||| || |  | || ||||||||||||||  |||||||||| |||||  
actgtacaatgcatttctgcgcaagtattcat-gctcttttcagtcattcatattcattagatt-ttga--aaagtactgatgtttctttgcttttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGTAGACTGTCTTCGCGCACTCGTTCTCGTGACCTAGAATATCTTTTCGGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211251033|gb|FL007482.1|FL007482
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|87155664|gb|DY400453.1|DY400453
EST:     TCCTTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|86472004|gb|DY238374.1|DY238374
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGTTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAAATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251028|gb|FL007477.1|FL007477
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|71310802|gb|DR791706.1|DR791706
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|50336824|gb|CO531950.1|CO531950
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251036|gb|FL007485.1|FL007485
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251030|gb|FL007479.1|FL007479
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGNTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|76280523|gb|DV020091.1|DV020091
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|148941832|gb|EC886805.2|EC886805
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|71438958|gb|DR820008.1|DR820008
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|71298912|gb|DR785451.1|DR785451
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251034|gb|FL007483.1|FL007483
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|148934490|gb|EC878531.2|EC878531
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|71771421|gb|DR969358.1|DR969358
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251026|gb|FL007475.1|FL007475
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211248808|gb|FL007473.1|FL007473
EST:     TCCTTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|31406034|gb|CD484766.1|CD484766
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251029|gb|FL007478.1|FL007478
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251027|gb|FL007476.1|FL007476
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCC--                         -AGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211248809|gb|FL007474.1|FL007474
EST:     TCCTTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|71438768|gb|DR819818.1|DR819818
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTATATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|29945034|gb|CB815435.1|CB815435
EST:     TCCCTCG-GCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|76282712|gb|DV022280.1|DV022280
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|74232122|gb|DT640036.1|DT640036
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|37425051|gb|CF650261.1|CF650261
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|91870729|gb|EB401054.1|EB401054
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211248807|gb|FL007472.1|FL007472
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|87153453|gb|DY398242.1|DY398242
EST:     GTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: GTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|149070621|gb|EE159032.2|EE159032
EST:     CTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: CTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|89251320|gb|DY623106.1|DY623106
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|76014888|gb|DT942058.1|DT942058
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|50333687|gb|CO528813.1|CO528813
EST:     CGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: CGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|76289551|gb|DV029119.1|DV029119
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|149108516|gb|EE292817.2|EE292817
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251031|gb|FL007480.1|FL007480
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|148934137|gb|EC878155.2|EC878155
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|211251037|gb|FL007486.1|FL007486
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
EST: gi|148959184|gb|EE010639.2|EE010639
EST:     TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAG                         GAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG
genomic: TCCCTCGTGCCCCGCCGGCTCTCCAGCGCGCCGTCTCTGCCCAGATCCAGgtacccttct ... ttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actttattcattaagttcttgatgaaacagctgatagtatttttcttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTGGCAGATTGGCCCCCCGTACTCGTTCTCGTGATTTAGAATATCTCTTCGG
                            agctgat  putative branch site (score: 4)
                                     tatttttctt  putative PPT
                                 atagtatttttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actcaaccatattgttgatgcaatttggtgtagttgctttctgtcactttattcattaagttcttgatgaaacagctgatagtatttttcttgtggacagGAGATATGCCTCGCTATGATGATCGCTATGGAGGCACGCGCTTGTATGTTGGCAGATTGGCCCCCCGTACTCGTTCTCGTGATTTAGAATATCTCTTCGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT