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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagccagcgcgccgcacgccattgccgccctcgttgtttacttcgcgtttggatctgtggctgaggagctgcgcgttggttggcctgtggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAGCGGAAGCGCGAGGAACAGTGGGCCACCGAGAAGAAGGAGAAGGCCCTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094051_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os04g51630.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtaagccagcg-cgccgcacgccattgccgccctcgttgtttac-ttcgcgtttggatctgtggctgaggagctgcgcgttggttggcctgtg-gccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAGCGGAAGCGCGAGGAACAGTGGGCCACCGAGAAGAAGGAGAAGGCCCTAG
|||||    || |||||   ||||||||||||||  |  | |   |||||   | |  | ||  | ||   |   |  || ||||   ||||  ||   ||||||| |||||| |||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||   ||||||  ||| ||  |||||||||||| | |
gtaagagctcgtcgccggtagccattgccgccctgctcctctctgttcgctcgtcgccccgtc-ccgatctgaccctggtgggtttcgctgttcgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAGAGGAAGCGGGAGGAGGTGTGGGCGGCCGCGAGCAAGGAGAAGGCCGTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211467480|gb|FL327940.1|FL327940
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211381235|gb|FL355200.1|FL355200
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTNAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211489662|gb|FL352063.1|FL352063
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211162458|gb|FL355955.1|FL355955
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211094483|gb|FL367316.1|FL367316
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211483249|gb|FL325697.1|FL325697
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|78112606|gb|DV531000.1|DV531000
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211425293|gb|FL350052.1|FL350052
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EST: gi|211365538|gb|FL366724.1|FL366724
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211197410|gb|FL309893.1|FL309893
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EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTG-CGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211374992|gb|FL316972.1|FL316972
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211314169|gb|FL331838.1|FL331838
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTCTCCCTATCATACGCAGCTCGTCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGAGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCGGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211154101|gb|FL335997.1|FL335997
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211041714|gb|FL025837.1|FL025837
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211467080|gb|FL315617.1|FL315617
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211430944|gb|FL367566.1|FL367566
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211475326|gb|FL336903.1|FL336903
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211044673|gb|FL025844.1|FL025844
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCGGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|71439147|gb|DR820197.1|DR820197
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genomic: CCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|28873880|gb|CB329810.1|CB329810
EST:     CTCG-CGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211427800|gb|FL348316.1|FL348316
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211401347|gb|FL317344.1|FL317344
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTG-CGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
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EST: gi|211109788|gb|FL352647.1|FL352647
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EST: gi|211419805|gb|FL340213.1|FL340213
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genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211369599|gb|FL314676.1|FL314676
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|50323404|gb|CO518530.1|CO518530
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211479805|gb|FL307417.1|FL307417
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|101392068|gb|EB817961.1|EB817961
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|76281808|gb|DV021376.1|DV021376
EST:     CTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|33094604|gb|CF054598.1|CF054598
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTCTCCCTATCATACGCAGCTCGTCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGAGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCGGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAA-
EST: gi|211528037|gb|FL311006.1|FL311006
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211055938|gb|FL348468.1|FL348468
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211489013|gb|FL325724.1|FL325724
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211108757|gb|FL337429.1|FL337429
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211397106|gb|FL357146.1|FL357146
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|28910315|gb|CB331377.1|CB331377
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|101401382|gb|EB822368.1|EB822368
EST:     GCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: GCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211430817|gb|FL361882.1|FL361882
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|28930957|gb|CB334318.1|CB334318
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211364904|gb|FL335329.1|FL335329
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
EST: gi|211099200|gb|FL356880.1|FL356880
EST:     CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCC-----AG                         ATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTG-CGGAGTCTGTGCTCCGCAAG
genomic: CTCGCCGCTCTCCCCGCGTATCCCTCTCATACGCAGCTCGCCCAGGTAAGgtaagccagc ... ggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaagccagcgcgccgcacgccattgccgccctcgttgtttacttcgcgtttggatctgtggctgaggagctgcgcgttggttggcctgtggccatgcagATGTCGTCCGTGGCGTCGAAGGTGGCGGTGCCGGAGTCTGTGCTCCGCAAGCGGAAGCGCGAGGAACAGTGGGCCACCGAGAAGAAGGAGAAGGCCCTAG

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