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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcggtgcccccctccctcgctcttcctggccccgatctgatccgctctctgcgttagggtatgggtgacggggtggcactcgatctgccgggttcggatctgattttcttgttgtcggtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088088_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G088088_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g06350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtgcggtgcccccctccctcgctcttcctggccccgatctgatccgctctctgcgttagggtatgggtgacggggtggcactcgatctgccgggttcggatctgattttcttgt------tgtcggtttatg--cagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG
                    | |  |    | |||||||||  ||| | | |  ||| |||          |||  ||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||||         ||| ||| | ||  ||| | || || |||||||||||||||||||| || || ||| |||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || || |
--------------------gtttgtatatgtcccgatctggcccggttttttggtttggg----------gggcgggctctcgatctggcggttccggatctggttttctgaccccctgtgtgggtgtgtgtgcagTTGGAGGGGTTGCCGGCGATGGTGCAGGCGGTGCAGTCCGACGACAGCGCCGTGCAGCTGGAGGCCACCACGCAGTTCCGGAAGCTGCTCTCCATCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211466271|gb|FL273962.1|FL273962
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466275|gb|FL273966.1|FL273966
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|88758378|gb|DY542747.1|DY542747
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211413307|gb|FL164847.1|FL164847
EST:     CNCC-CCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CGCCGCC-GGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211376201|gb|FL253486.1|FL253486
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211410760|gb|FL164835.1|FL164835
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211410763|gb|FL164838.1|FL164838
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211410759|gb|FL164834.1|FL164834
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211410765|gb|FL164840.1|FL164840
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211410766|gb|FL164841.1|FL164841
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211008179|gb|FL253536.1|FL253536
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466268|gb|FL273959.1|FL273959
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211468801|gb|FL273976.1|FL273976
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466274|gb|FL273965.1|FL273965
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466269|gb|FL273960.1|FL273960
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|148943100|gb|EC888155.2|EC888155
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211413302|gb|FL164842.1|FL164842
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGCCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAAGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466267|gb|FL273958.1|FL273958
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCYTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466276|gb|FL273967.1|FL273967
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466277|gb|FL273968.1|FL273968
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211468797|gb|FL273972.1|FL273972
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|29167750|gb|CB411010.1|CB411010
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466272|gb|FL273963.1|FL273963
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|18053175|gb|BM318833.1|BM318833
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCNCCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|91052953|gb|EB163371.1|EB163371
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|91879015|gb|EB408972.1|EB408972
EST:     CGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCCGTCCACTCCAACGACCCCTC
genomic: CGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCC-AGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCC-GTCCACTCCAACGACCCCTC
EST: gi|211466270|gb|FL273961.1|FL273961
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|67023557|gb|CO452306.1|CO452306
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211466273|gb|FL273964.1|FL273964
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGAGATGGTGCAGGACGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211410761|gb|FL164836.1|FL164836
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211468798|gb|FL273973.1|FL273973
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211008180|gb|FL253537.1|FL253537
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|78078677|gb|DV507089.1|DV507089
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211413309|gb|FL164849.1|FL164849
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|211468795|gb|FL273970.1|FL273970
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|18385029|gb|BM418228.1|BM418228
EST:     CGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGTGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|22489097|gb|BU049020.1|BU049020
EST:     CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
EST: gi|5555266|gb|AI881217.1|AI881217
EST:     CCGCCGCTGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAG                         CTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC
genomic: CCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 238

CAAGCGCGAGGAAAGCCTCCAGAAGAAGCGCCGCGATGGGTTTCCCGCCTCCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 362

CAAGCGCGAGGAAAGCCTCCAGAAGAAGCGCCGCGATGGGTTTCCCGCCTCCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 435

CAAGCGCGAGGAAAGCCTCCAGAAGAAGCGCCGCGATGGGTTTCCCGCCTCCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 172

CAAGCGCGAGGAAAGCCTCCAGAAGAAGCGCCGCGATGGGTTTCCCGCCTCCGCCGCCGGTGTGCCGCCGATGGGCCACTCCACCGCGCTCCAGCAGAAGgtgcggtgcc ... gtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggcactcgatctgccgggttcggatctgattttcttgttgtcggtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG
                         atctgat  putative branch site (score: 172)
                              attttctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgcggtgcccccctccctcgctcttcctggccccgatctgatccgctctctgcgttagggtatgggtgacggggtggcactcgatctgccgggttcggatctgattttcttgttgtcggtttatgcagCTCGATGGCTTGCCGGCGATGGTGCAGGCCGTCCACTCCAACGACCCCTCCGTGCAGCTTGAGGCCACCACACAGTTCAGGAAGCTGCTTTCTATAG

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