1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...agtagggtttatggcagaccatgctgttagttggtttgccatttcatgaactctagatgggggaaacagtggagtttgatcatctgatgatcttctgcagGGGCTTGAAATTGGCCTTAAAGGCTCCAAGGGAGCCCCAATGCCAGGAACGGAAGGAAGAGTGGCAAAGGATTTGAAGAAAGCTCCTGCCTCCTTGGAGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G087482_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgaactctagatgggggaaacagtggagtttgatcatctgatgatcttctgcagGGGCTTGAAATTGGCCTTAAAGGCTCCAAGGGAGCCCCAATGCCAGGAACGGAAGGAAGAGTGGCAAAGGATTTGAAGAAAGCTCCTGCCTCCTTGGAGG
atctgat putative branch site (score: 4)
tcttctgc putative PPT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtagggtttatggcagaccatgctgttagttggtttgccatttcatgaactctagatgggggaaacagtggagtttgatcatctgatgatcttctgcagGGGCTTGAAATTGGCCTTAAAGGCTCCAAGGGAGCCCCAATGCCAGGAACGGAAGGAAGAGTGGCAAAGGATTTGAAGAAAGCTCCTGCCTCCTTGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - -tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgatga