Skip to another splice site:
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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagctcatctcctcctctcgccctctgctcttctcttggcggcctaccctactcggtcgggcgcctgcgtgatctctctttctattgggacggattgatcacggatcgctgctccattgttgttgcgtttctggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G085474_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211388472|gb|FL095521.1|FL095521
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|78114650|gb|DV533038.1|DV533038
EST:     TCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: TCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388476|gb|FL095525.1|FL095525
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388474|gb|FL095523.1|FL095523
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391118|gb|FL095541.1|FL095541
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|149045418|gb|EE047840.2|EE047840
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|148965113|gb|EE015927.2|EE015927
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|31358163|gb|CD442520.1|CD442520
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391121|gb|FL095544.1|FL095544
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391124|gb|FL095547.1|FL095547
EST:     CCCATCCCGCCACTGC-NNTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388481|gb|FL095530.1|FL095530
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211383214|gb|FL095504.1|FL095504
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385842|gb|FL095512.1|FL095512
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385836|gb|FL095506.1|FL095506
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391119|gb|FL095542.1|FL095542
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388478|gb|FL095527.1|FL095527
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385845|gb|FL095515.1|FL095515
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391123|gb|FL095546.1|FL095546
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|149008746|gb|EE040943.2|EE040943
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388484|gb|FL095533.1|FL095533
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391115|gb|FL095538.1|FL095538
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|37421375|gb|CF648386.1|CF648386
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388483|gb|FL095532.1|FL095532
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388477|gb|FL095526.1|FL095526
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|29130092|gb|CB380796.1|CB380796
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385847|gb|FL095517.1|FL095517
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385837|gb|FL095507.1|FL095507
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211391113|gb|FL095536.1|FL095536
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385843|gb|FL095513.1|FL095513
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAG-NCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAADSGG
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAA-CGG
EST: gi|211388475|gb|FL095524.1|FL095524
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211388482|gb|FL095531.1|FL095531
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|211385838|gb|FL095508.1|FL095508
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|32863231|gb|CF002913.1|CF002913
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGATCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
EST: gi|149050402|gb|EE155650.2|EE155650
EST:     CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCG                         GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC
genomic: CCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 115

GCCAACCGCCGCCGCCACTCGCCACTCTCACGTCTCGCCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 90

GCCAACCGCCGCCGCCACTCGCCACTCTCACGTCTCGCCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 109

GCCAACCGCCGCCGCCACTCGCCACTCTCACGTCTCGCCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 236

GCCAACCGCCGCCGCCACTCGCCACTCTCACGTCTCGCCCATCCCGCCACTGCTGCTCTCCAGAGTCCAGGCGACCCAGGCTGCGCGgtgagctcat ... ggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggacggattgatcacggatcgctgctccattgttgttgcgtttctggattcgcagGTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG
     gattgat  putative branch site (score: 236)