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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tactcccttttgcttgagagatggttaggaggctggctatggattatgtgtctgcttcgatcgttttctcatgctaatgtgactcctgccgcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083716_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tactcccttttg---cttgagagatggttaggaggctggctat-ggattatgtgtctgctt-cgatcgttttctcatgctaatgtgactcctgccgcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGG---CTAACTTCAG
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-actttcatgtgggacctccacctcagcttccattttctgaatagaagcttaagcatgcttatgattgttgctccatgttaatgttgtcattgctgaaca------gGAAATCATGGCTTCAACATTCGGTGCCACTTCTACGGTTGGCCTCATGGCTGCGCCAACCGG-AATTGTATCAGACAAGAAGCCATCTTCTCTATCTTCGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211510315|gb|FL346123.1|FL346123
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EST: gi|211053293|gb|FL359912.1|FL359912
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|148963973|gb|EE015101.2|EE015101
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|149080249|gb|EE169273.2|EE169273
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EST: gi|211285418|gb|FL349557.1|FL349557
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EST: gi|211083481|gb|FL326825.1|FL326825
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EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|211128882|gb|FL352159.1|FL352159
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EST: gi|148940496|gb|EC885295.2|EC885295
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EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST:     CTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCTC-CGACCCAT-CACAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|211301789|gb|FL326006.1|FL326006
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|211322750|gb|FL352371.1|FL352371
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|211055934|gb|FL348464.1|FL348464
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EST: gi|67029292|gb|CO458041.1|CO458041
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EST:     CTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCTC-CGACCCAT-CACAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|8367280|gb|BE050225.1|BE050225
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|211412337|gb|FL345665.1|FL345665
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EST: gi|149075815|gb|EE164351.2|EE164351
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
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EST: gi|211501105|gb|FL357165.1|FL357165
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EST: gi|149009207|gb|EE041320.2|EE041320
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EST: gi|211388667|gb|FL330060.1|FL330060
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|67023569|gb|CO452318.1|CO452318
EST:     TCTCCACCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|211055913|gb|FL348005.1|FL348005
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|148983129|gb|EE029060.2|EE029060
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|71764884|gb|DR962821.1|DR962821
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|6636998|gb|AW261270.1|AW261270
EST:     TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: TTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|211058895|gb|FL348012.1|FL348012
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
EST: gi|211402127|gb|FL345609.1|FL345609
EST:     TCTCCGCCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCAT-CGCAAGCGCGAG                         TAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG
genomic: -CT----CTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 174

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 470

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG


Block sizes: 43 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 32

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 183

ATCGACACACGCAGCCGCGACCTGACCCGACCCTCCCGAGGCCGCCAGCCTTATCCTCTCCGCCTCCCGCCGTCCCCCGCGACCCATCCGCAAGCGCGAGgtgagtccgc ... gcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgtctgcttcgatcgttttctcatgctaatgtgactcctgccgcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG
                          tgctaat  putative branch site (score: 183)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tactcccttttgcttgagagatggttaggaggctggctatggattatgtgtctgcttcgatcgttttctcatgctaatgtgactcctgccgcacatgcagTAGAAGACATGGCCTCGACGTTCGGTGCCACTTCTACAGTTGGCCTTATGGCTGCTCCAACGGGGAAGAATGTGCGCCTTCAGAGGAGGGCTAACTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - ggctggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcctgc