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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatatgtagttttggccggaaaggccggctcttgtctctccctggtgttttttgccgccgttgctcgatcgaaatgtgacctttttgcgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTTCTGCGTTCTCCGGGCTATCTGCCTGTCTTGCTGCGGCCTGCGGCGGCGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081848_T05
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101387228|gb|EB815631.1|EB815631
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|19351101|gb|BM895633.1|BM895633
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|89251400|gb|DY623186.1|DY623186
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|91050728|gb|EB161146.1|EB161146
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148991600|gb|EE033131.2|EE033131
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|78115446|gb|DV533834.1|DV533834
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148967838|gb|EE019130.2|EE019130
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148960883|gb|EE011564.2|EE011564
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148932303|gb|EC875882.2|EC875882
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148997312|gb|EE035807.2|EE035807
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|149012667|gb|EE042641.2|EE042641
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|50322320|gb|CO517446.1|CO517446
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|149110398|gb|EE190395.2|EE190395
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|71328578|gb|DR800947.1|DR800947
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148936002|gb|EC880058.2|EC880058
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|149102837|gb|EE288179.2|EE288179
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|149105555|gb|EE291088.2|EE291088
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|87152152|gb|DY396941.1|DY396941
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|148995261|gb|EE034502.2|EE034502
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
EST: gi|149097659|gb|EE183556.2|EE183556
EST:     AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAA                         GTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT
genomic: AGCTCGTCTCCCAGATCCAGCTTCGTCTGGTTGAATTCTCTTCTTTGGAAgtaaatatgt ... cgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtgttttttgccgccgttgctcgatcgaaatgtgacctttttgcgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTTCTGCGTTCTCCGGGCTATCTGCCTGTCTTGCTGCGGCCTGCGGCGGCGG
                                     cctttttgcgcttc  CT-rich tract
     tttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaaatatgtagttttggccggaaaggccggctcttgtctctccctggtgttttttgccgccgttgctcgatcgaaatgtgacctttttgcgcttcgcagGTGCTGGTGGGCGGCGTGGTTTGGTGCTTTGGGGGCCTGCGTGTTAAGTTTCTGCGTTCTCCGGGCTATCTGCCTGTCTTGCTGCGGCCTGCGGCGGCGG

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