Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...gctaatgaaaattgactcgaaatgtaccatacactttgtgcaattaatatgttctcattttcactgtcatgaattggttcattttggatgtccttggtagATGTTGTGAAAGAAGATGACCCAACAAACAACGTGCCAGACACTATCTTTGCGAAGATTGGCCTGCAGCTGCACAGGAGGGAGAACCATCCCCTTGGGAT
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GRMZM2G078756_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os12g34860.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-------gctaatgaaaattgactcgaaatgtaccatacactttgtgcaattaatatgttctcattttcactgtcatgaattggttcattttggatgtccttggtagATGTTGTGAAAGAAGATGACCCAACAAACAACGTGCCAGACACTATCTTTGCGAAGATTGGCCTGCAGCTGCACAGGAGGGAGAACCATCCCCTTGGGAT
|| || |||||| |||| | | ||| | || | || | |||| |||| || ||||||| ||| | | |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||
tcgaaactctggtgggaattgagctacgatgtgtgtgaagttaactgctgctgatttttttttctttttt------tgaagtgactcattttt-atggcaattgtagATGTCGTGAAGGAGGAGGACCCAACAAACAACGTTCCGGACACGATCTACTCAAAGATTGGCCTGCAGCTGCACAGGAGGGATAATCACCCTCTAGGGAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.aatatgttctcattttcactgtcatgaattggttcattttggatgtccttggtagATGTTGTGAAAGAAGATGACCCAACAAACAACGTGCCAGACACTATCTTTGCGAAGATTGGCCTGCAGCTGCACAGGAGGGAGAACCATCCCCTTGGGAT
aattaat putative branch site (score: 3)
tgtcctt putative PPT
ttcatttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gctaatgaaaattgactcgaaatgtaccatacactttgtgcaattaatatgttctcattttcactgtcatgaattggttcattttggatgtccttggtagATGTTGTGAAAGAAGATGACCCAACAAACAACGTGCCAGACACTATCTTTGCGAAGATTGGCCTGCAGCTGCACAGGAGGGAGAACCATCCCCTTGGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
gctaatg
- - - - - - - - - - - - - -catacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttggatg