Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatgaacgcgtctattaagactcaggctgctgtcgtcgtggcttgtgtttatcggtttcaacctaactcttgtatctgccttcttctctcgtgtgttagGTAGACACGCCGGCCCAACCAGAATTGACAAGTGGAAGCGTATGGGTATTACCAGCAACGACGCGGCCCCTCGTGCCGTCCTCCTCCGCTTCTTGTTTCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077299_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71769116|gb|DR967053.1|DR967053
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211315178|gb|FL384852.1|FL384852
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211106638|gb|FL406855.1|FL406855
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|6194987|gb|AW147091.1|AW147091
EST:     CCGCAGAC-GGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211024644|gb|FL381981.1|FL381981
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCA--                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211518127|gb|FL378400.1|FL378400
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|71769433|gb|DR967370.1|DR967370
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211410871|gb|FL399291.1|FL399291
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|6194981|gb|AW147085.1|AW147085
EST:     CCGCAGAC-GGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|101399286|gb|EB821516.1|EB821516
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211542545|gb|FL409073.1|FL409073
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|74232033|gb|DT639947.1|DT639947
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211152046|gb|FL419672.1|FL419672
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211148949|gb|FL408684.1|FL408684
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCT--CGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCA--                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt
EST: gi|211464409|gb|FL419840.1|FL419840
EST:     CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATG                      
genomic: CCCGCAGACGGGGAGCTCGCGTCTTCCTTCGGATGGTGGATGCATGCATGCATGgtgagcaact ... cgtgtgt


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtttatcggtttcaacctaactcttgtatctgccttcttctctcgtgtgttagGTAGACACGCCGGCCCAACCAGAATTGACAAGTGGAAGCGTATGGGTATTACCAGCAACGACGCGGCCCCTCGTGCCGTCCTCCTCCGCTTCTTGTTTCT
                acctaac  putative branch site (score: 2)
                      ctcttgtatctgcctt  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgatgaacgcgtctattaagactcaggctgctgtcgtcgtggcttgtgtttatcggtttcaacctaactcttgtatctgccttcttctctcgtgtgttagGTAGACACGCCGGCCCAACCAGAATTGACAAGTGGAAGCGTATGGGTATTACCAGCAACGACGCGGCCCCTCGTGCCGTCCTCCTCCGCTTCTTGTTTCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
tgatgaa
- - - - - - - - - - - - - gctgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgttt