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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccctccgccgccgccgcctctcttcagctgcgctcctcatcctcgggacctgagccagccgaccacctcgctcacctccctccgtctccttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGGCACAAGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069162_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069162_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g02130.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtccctccgccgccgccgcctct-cttcagctgcgctcctcatcctcgggacctgagccagccgaccac--ctcgctcacctccctccgtctccttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGGCACAAGCAG
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gtcgctcacct--cactgcttcttcttcttcttcttccctcggtctccgggacttgcttgtctcaccctttctctcttgttttctttcttcttcttcttccagGTGCTCTCCATGTTCTTGGATCGCGGGGCGCCGCCGGACGCGGTGAATCGGCACAAGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149010154|gb|EE041967.2|EE041967
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGT-GTGAATCGG
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EST: gi|148932463|gb|EC876197.2|EC876197
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|91876743|gb|EB406700.1|EB406700
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|211326970|gb|FL003075.1|FL003075
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|50325257|gb|CO520383.1|CO520383
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|74232733|gb|DT640647.1|DT640647
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|78089777|gb|DV518151.1|DV518151
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|71449909|gb|DR830959.1|DR830959
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genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|91049871|gb|EB160289.1|EB160289
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|148938650|gb|EC882982.2|EC882982
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EST: gi|71313857|gb|DR793525.1|DR793525
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EST: gi|149112247|gb|EE295151.2|EE295151
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|76913183|gb|DV165033.1|DV165033
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EST: gi|149085044|gb|EE174553.2|EE174553
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|71320952|gb|DR797192.1|DR797192
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|148967178|gb|EE018364.2|EE018364
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|50328517|gb|CO523643.1|CO523643
EST:     GCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: GCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|76014676|gb|DT941846.1|DT941846
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|71449368|gb|DR830418.1|DR830418
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|78081585|gb|DV509997.1|DV509997
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|148982737|gb|EE028556.2|EE028556
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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EST: gi|149037744|gb|EE155406.2|EE155406
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EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|148953967|gb|EC899355.2|EC899355
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|148945991|gb|EC891286.2|EC891286
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|67014789|gb|CO443538.1|CO443538
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|93283971|gb|EB676235.1|EB676235
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|33466680|gb|CF243729.1|CF243729
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|94472164|gb|EB701122.1|EB701122
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|149078678|gb|EE167469.2|EE167469
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|71423338|gb|DR806006.1|DR806006
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|149111573|gb|EE190708.2|EE190708
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|148951595|gb|EC897330.2|EC897330
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|76284670|gb|DV024238.1|DV024238
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|94472171|gb|EB701129.1|EB701129
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|148952353|gb|EC898166.2|EC898166
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
genomic: ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAGgtccctccgc ... cttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
EST: gi|71772502|gb|DR970434.1|DR970434
EST:     ACGACCGCCTCTCCGCGCTCCACATCGCCGCCGCGAATGGCCGCCTCGAG                         GTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGG
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgggacctgagccagccgaccacctcgctcacctccctccgtctccttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGGCACAAGCAG
                         cgctcac  putative branch site (score: 3)
                   ccacctcgctcacctc  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtccctccgccgccgccgcctctcttcagctgcgctcctcatcctcgggacctgagccagccgaccacctcgctcacctccctccgtctccttcctgcagGTGCTGTCAATGGTCTTGGATCACGGGGTGCCGCCGGACGTGGTGAATCGGCACAAGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCCGCCG