Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgtatttgtctctaattcgtcccttgttaatgaatattgctcaaaatctctgtatgtgataaaaaactgagggatgtaactggcgtttgttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G062425_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G062425_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g21830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tttgtatttgtctctaattcgtcccttgttaatg-aatattgctcaaaatctctgtatgtga-taaaaaactgagggatgtaactggcgtttgt-tttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
  | |  | |    || ||      ||||||| | |||| | ||| || |||   ||| ||| ||  |   ||| | |  | || |   ||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||
--ttttctagaaaatatttgcaaaattgttaaagcaataat-ctctaactctgactatctgagtatgacgatgaagaagatgacagttattcatatttctcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGCTAGGAGGTGGAGGTGTAGATGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211488224|gb|FL180862.1|FL180862
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211499768|gb|FL180921.1|FL180921
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211493987|gb|FL180886.1|FL180886
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211493991|gb|FL180890.1|FL180890
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211009284|gb|FK961277.1|FK961277
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCYACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211499771|gb|FL180924.1|FL180924
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211309014|gb|FL381286.1|FL381286
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211493989|gb|FL180888.1|FL180888
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211488231|gb|FL180869.1|FL180869
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211485341|gb|FL180850.1|FL180850
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211066115|gb|FL180931.1|FL180931
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211066122|gb|FL180938.1|FL180938
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCNCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211312231|gb|FK994146.1|FK994146
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211491112|gb|FL180881.1|FL180881
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211499777|gb|FL180930.1|FL180930
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211491111|gb|FL180880.1|FL180880
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGT
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGT
EST: gi|211496879|gb|FL180902.1|FL180902
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211499763|gb|FL180916.1|FL180916
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211499776|gb|FL180929.1|FL180929
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211488222|gb|FL180860.1|FL180860
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTT
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTT
EST: gi|211499770|gb|FL180923.1|FL180923
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211214235|gb|FL024779.1|FL024779
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTTTGGTCTGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211491105|gb|FL180874.1|FL180874
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211066127|gb|FL180943.1|FL180943
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211485339|gb|FL180848.1|FL180848
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211488226|gb|FL180864.1|FL180864
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|32915279|gb|CF020091.1|CF020091
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211066121|gb|FL180937.1|FL180937
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211491103|gb|FL180872.1|FL180872
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATSTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211500169|gb|FL426487.1|FL426487
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211493997|gb|FL180896.1|FL180896
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211066116|gb|FL180932.1|FL180932
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211496890|gb|FL180913.1|FL180913
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211485342|gb|FL180851.1|FL180851
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211496888|gb|FL180911.1|FL180911
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211350576|gb|FL379662.1|FL379662
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211496882|gb|FL180905.1|FL180905
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211493995|gb|FL180894.1|FL180894
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211488229|gb|FL180867.1|FL180867
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211214236|gb|FL024780.1|FL024780
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|20208314|gb|BQ134403.1|BQ134403
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTTTGGTCTGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211493988|gb|FL180887.1|FL180887
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211207798|gb|FL424436.1|FL424436
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211494000|gb|FL180899.1|FL180899
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|9733666|gb|BE512418.1|BE512418
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTTTGGTCTGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211488230|gb|FL180868.1|FL180868
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211496883|gb|FL180906.1|FL180906
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211066126|gb|FL180942.1|FL180942
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211034222|gb|FL370386.1|FL370386
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211491102|gb|FL180871.1|FL180871
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211496881|gb|FL180904.1|FL180904
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211491116|gb|FL180885.1|FL180885
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211070640|gb|FL369043.1|FL369043
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211329865|gb|FL380475.1|FL380475
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
EST: gi|211496884|gb|FL180907.1|FL180907
EST:     ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATC                         GTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
genomic: ACAAGGGCGACATCACCCTCTGGTCCGTCGACTGCGCCACCGACGCCATCgtacgctctt ... gttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatctctgtatgtgataaaaaactgagggatgtaactggcgtttgttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG
                              atgtaac  putative branch site (score: 3)
                                          tttgtttt  putative PPT
         tatgtgataaaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttgtatttgtctctaattcgtcccttgttaatgaatattgctcaaaatctctgtatgtgataaaaaactgagggatgtaactggcgtttgttttggcagGTTAATGCTGCTAATGAGCGAATGTTAGGTGGCGGAGGTGTTGATGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA