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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtttccctcaccttccccttacctcactgccatattccttctcccgatccgtcagtttcgccagctgaagacgatcccaatctcagatccaactaggaactcacccagcgctatctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAGCTCAAAAGGAGTAGCAGCGCCCCTGGTTGCCGGTTGGAGCGTCAAGGAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G055020_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211243407|gb|FL303363.1|FL303363
EST:     GGCTGCCGNCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCYTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243396|gb|FL303352.1|FL303352
EST:     GGCTG-CGNCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         CCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGMTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71443354|gb|DR824404.1|DR824404
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243401|gb|FL303357.1|FL303357
EST:     GGCTG-C-GCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCYTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243405|gb|FL303361.1|FL303361
EST:     GCTG-CGGCNGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GCTGCCGGC-GAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243398|gb|FL303354.1|FL303354
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|149075926|gb|EE164487.2|EE164487
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|149094970|gb|EE180558.2|EE180558
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71446890|gb|DR827940.1|DR827940
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|149110886|gb|EE294384.2|EE294384
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|5555506|gb|AI881457.1|AI881457
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243403|gb|FL303359.1|FL303359
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|78120684|gb|DV539068.1|DV539068
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCCCCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|88757364|gb|DY541505.1|DY541505
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243397|gb|FL303353.1|FL303353
EST:     GCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCNTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCC-TGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211245626|gb|FL303364.1|FL303364
EST:     GGCTG-CGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|148957879|gb|EC904033.2|EC904033
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243404|gb|FL303360.1|FL303360
EST:     GGCTG-CGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211245627|gb|FL303365.1|FL303365
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71440531|gb|DR821581.1|DR821581
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|149077163|gb|EE165824.2|EE165824
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71769809|gb|DR967746.1|DR967746
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71428101|gb|DR809151.1|DR809151
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71449379|gb|DR830429.1|DR830429
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATCTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211218549|gb|FL110184.1|FL110184
EST:     GGCTG-CGNCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCSTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|86474048|gb|DY240418.1|DY240418
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|50329500|gb|CO524626.1|CO524626
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71439617|gb|DR820667.1|DR820667
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243406|gb|FL303362.1|FL303362
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|78082144|gb|DV510556.1|DV510556
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|76015781|gb|DT942951.1|DT942951
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243400|gb|FL303356.1|FL303356
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGANTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243399|gb|FL303355.1|FL303355
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|71314171|gb|DR793699.1|DR793699
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|91048418|gb|EB158836.1|EB158836
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|149103179|gb|EE288550.2|EE288550
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211243402|gb|FL303358.1|FL303358
EST:     GGCTG-CGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
EST: gi|211245628|gb|FL303366.1|FL303366
EST:     GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTG                         GCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG
genomic: GGCTGCCGGCGAGCACTTGGGCGTCTCCGGCCACCGCCTGCCTCGTTGTGgttagtttcc ... ctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacgatcccaatctcagatccaactaggaactcacccagcgctatctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAGCTCAAAAGGAGTAGCAGCGCCCCTGGTTGCCGGTTGGAGCGTCAAGGAT
                            aactcac  putative branch site (score: 2)
                                         ctatctccc  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtttccctcaccttccccttacctcactgccatattccttctcccgatccgtcagtttcgccagctgaagacgatcccaatctcagatccaactaggaactcacccagcgctatctcccggcagGCTCCCCGTTGACTCCCGCGATTTGTTACCCGCTGGCGCTGCCGCACACAGCTCAAAAGGAGTAGCAGCGCCCCTGGTTGCCGGTTGGAGCGTCAAGGAT

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGCTGCCG