Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaagtaaggtagtaagaaggagcgccggtttacatttaccgcacgtcggcgtgcggtcgagtcgggactcgggagacgtatgaacccccgtcccgtcccatgcatgtgtggcagGTGGGTGTACCAGAGGTACTGCGAGGAGATGAAGGAGCTGTCGCTGACGATCATGGAGCTGCTGGAGCTGAGCCTGGGCGTGGAGCTGCGCGGCTACTAC
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GRMZM2G049418_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g66100.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
gtaagtaaggtagtaagaaggagcgccggtttacatttaccgcacgtcggcgtgcggtcgagt-cgggactcgggagacgt-atgaacccccgtcccgtcccatgcatgtgtggcagGTGGGTGTACCAGAGGTACTGCGAGGAGATGAAGGAGCTGTCGCTGACGATCATGGAGCTGCTGGAGCTGAGCCTGGGCGTGGAGCTGCGCGGCTACTAC
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---------gtaattaaaacga-tggtggacgacatt----gcatttcaaattcaaaacaaattcaaaacacaccgaccgagattatgctgaattcaaacgcgtttgtgcgcg-cagGAGGGTGTACCAGAAGTACTGCGAGGAGATGAAGGAGCTGTCGCTGACGATCATGGAACTCCTGGAGCTGAGCCTGGGCGTGGAGCGAGGCTACTACAGGMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|78078022|gb|DV506437.1|DV506437EST: GTCGTGGACTACTTCGTCGGCACCCTCGGCCAGGATTTCGAGCCAATGGG GTGGGTGTACCAGAGGTACTGCGAGGAGATGAAGGAGCTGTCGCTGACGAT
genomic: GTCGTGGACTACTTCGTCGGCACCCTCGGCCAGGATTTCGAGCCAATGGGgtaagtaagg ... tgtgtggcagGTGGGTGTACCAGAGGTACTGCGAGGAGATGAAGGAGCTGTCGCTGACGAT
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
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gtaagtaaggtagtaagaaggagcgccggtttacatttaccgcacgtcggcgtgcggtcgagtcgggactcgggagacgtatgaacccccgtcccgtcccatgcatgtgtggcagGTGGGTGTACCAGAGGTACTGCGAGGAGATGAAGGAGCTGTCGCTGACGATCATGGAGCTGCTGGAGCTGAGCCTGGGCGTGGAGCTGCGCGGCTACTAC
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