1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tgagaacatactctacaaagtggcgtaaactatttaacttgcctcttatggtccttgaattatagaattgttgaattaacggaactgttttaaatcgtagCCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCCAGAAACATGTTGCTGCTCACCCATGGCATGATTTGGAGATAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G046587_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACAGTTGCTTTGCTTTCCCCACCTGGTTCTACTCCATGTTTGTAAAAG CCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCCEST: gi|211349013|gb|FL190902.1|FL190902
genomic: CAACAGTTGCTTTGCTTTCCCCACCTGGTTCTACTCCATGTTTGTAAAAGgtgctgctgc ... taaatcgtagCCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCC
EST: CAACAGTTGCTTTGCTTTCCCCACCTGGTTCTACTCCATGTTTGTAAAAG CCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCCEST: gi|211351406|gb|FL190903.1|FL190903
genomic: CAACAGTTGCTTTGCTTTCCCCACCTGGTTCTACTCCATGTTTGTAAAAGgtgctgctgc ... taaatcgtagCCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCC
EST: CAACAGTTGCTTTGCTTTCCCCACCTGGTTCTACTCCATGTTTGTAAAAG CCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCC
genomic: CAACAGTTGCTTTGCTTTCCCCACCTGGTTCTACTCCATGTTTGTAAAAGgtgctgctgc ... taaatcgtagCCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCC
ttatggtccttgaattatagaattgttgaattaacggaactgttttaaatcgtagCCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCCAGAAACATGTTGCTGCTCACCCATGGCATGATTTGGAGATAG
aattaac putative branch site (score: 2)
ctgtttt putative PPT
aattatagaattgttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgagaacatactctacaaagtggcgtaaactatttaacttgcctcttatggtccttgaattatagaattgttgaattaacggaactgttttaaatcgtagCCATGGCTGGACCTGCTGTTCTCAATGAGCGTATCCTTTCTTCCATGTCCCAGAAACATGTTGCTGCTCACCCATGGCATGATTTGGAGATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT