1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcaatactcaaattttgtctctatgcgaaacagtcagaagtaactataggtttgctgtattgttactcattgtttacttcttaatgcttgtatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTAGTAGCACTGAACAGCGAGTGGAATTTCTCTAATACTGTCCAGGATCATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G042198_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCG AATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTAEST: gi|13558687|gb|BG550043.1|BG550043
genomic: CTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCGgtgagcgctc ... tatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTA
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genomic: GGGTTGGTTGGATCCGAGCTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCGgtgagcgctc ... tatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTA
EST: GGGTTGGTTGGATCCGAGCTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCG AATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTAEST: gi|71323377|gb|DR798339.1|DR798339
genomic: GGGTTGGTTGGATCCGAGCTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCGgtgagcgctc ... tatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTA
EST: GGGTTGGTTGGATCCGAGCTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCG AATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTA
genomic: GGGTTGGTTGGATCCGAGCTCTGTGCAGAAGCGCCGCCGCGACACGGTCGgtgagcgctc ... tatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTA
ataggtttgctgtattgttactcattgtttacttcttaatgcttgtatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTAGTAGCACTGAACAGCGAGTGGAATTTCTCTAATACTGTCCAGGATCATG
tcttaat putative branch site (score: 9)
tattgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaatactcaaattttgtctctatgcgaaacagtcagaagtaactataggtttgctgtattgttactcattgtttacttcttaatgcttgtatcacatagAATTCCACTGGATCCAGCTGCTGAACGGGGTACCAGAAGGTGGATTTGGTAGTAGCACTGAACAGCGAGTGGAATTTCTCTAATACTGTCCAGGATCATG
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- - -actcaaa
- - - - - - - - - -tctatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgctg
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