Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgttagtgcatgctctgtaaacttgtcaactaacaatttgcgatgtacattgatgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G041822_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G041822_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g06880.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
atgttagtgcatgctctgtaaactt--gtcaactaacaatttgcgatgtacattgatgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
| | ||   | |  | |   ||||     ||| |   ||  ||   |  |   ||||    ||  ||  || |   |  |     ||||  |   |   |||| ||| |||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| ||  |||| || ||||| |||||||| ||
acgctaaaacttcttgttctaactataaacaatttgtaacatgttgtagaatgtgat-tgcatcatgcttaccatcattctgcctacttactcattg-acagGAGATATCCATGGCCAGTATTCTGATCTTCTTCGGTTATTTGAGTATGGGGGCTTCCCACCAGAGGCAAACTACTTGTTTCTAGGTGATTATGTTGACCG

upper sequence: GRMZM2G041822_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G11240.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
--atgttagtgcatgctctgta---aacttgtcaactaacaatttgcgatgtacattgatgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
  |  || ||| ||| |   ||   |||   ||   |  | ||      ||||   |     || |||| |||     |||   ||||  |   ||| |  ||||| ||||| ||||| |||| | |||||||| | || || |||||||||||||| |||||||||| ||| || ||  |||| || || || |||||||||||
tgaatttggtgtatgatagatattaaacccttctgttg-ctatcataactgtatgatttgtaattttgttgatggttttaa--gttta--tatgttgatgagcagGAGATGTTCATGGTCAGTTTCCAGACCTCTTGCGGTTGTTTGAGTATGGTGGTTATCCACCAGCTGCGAACTACTTGTTTCTTGGGGATTATGTTGATCG

upper sequence: GRMZM2G041822_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv02s0025g00480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-atgttagtgcatgctctgtaaacttgtcaactaacaatttgcgatgtacattgatgcatattgtgga-taacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
    |  |  ||   | | || | ||||    | |       |  | ||||||  ||  | | ||| | |||| ||      |    | | ||||  | |||| ||||| ||||| |||| ||| || || ||  |||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||
ttcatctgaacaatgtttttata-ttgtggttttatcgggatcattatacattattg-gtttggtgaactaacaatggtttgtactttgcattgcattacagGAGATGTTCATGGTCAGTTTTCTGATCTTCTAAGATTGTTTGAGTACGGTGGGTACCCACCAGAAGCAAACTATTTATTCCTAGGAGACTATGTTGATCG

upper sequence: GRMZM2G041822_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S39_109V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
atgttagtgcatgctctgtaaacttgtcaactaacaatttgcgatgtacattgatgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgc---agGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
  | |    |       ||    |||  ||    |   | |   |||   || |||| | ||      |    |  |   | | |  | ||  |||||   ||| ||| ||||||| || || || |||||  |  | || ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||| | || |||||||||||  |
-ggctgcgacgaatctagtctctttgagaagctcctggtcgttttgtgt-ttcatgc-tgttcctcgaagtattggctgataagcgccgttcttatgctgcagGTGATATCCATGGTCAATACTCTGACCTTTTGAGGTTGTTTGAATATGGTGGCTTTCCACCTGATGCAAATTACTTGTTCTTAGGAGACTATGTTGACAG

upper sequence: GRMZM2G041822_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ32796 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
--atgttagtgcatgctctgtaaacttgtcaac-taacaatttgcgatgtacattga-tgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
   ||   |||  |  | | |    |      | || | | ||||  | |   |  | |   | ||||   | |||| ||   |||   |  | |||||    || ||  |||| |||||||| || || ||| |  || | |||||||||||||||| ||| || || || || ||  |||||||||||||||||||||||||
ttttgcccgtgtttagtgtctttgttctatggcatagccacttgctctttgtctgaaatttcttttgtttctcacgagaagatttttcttcgtgtgcta----gGTGACATCCACGGCCAGTACTCGGATCTCTTGAGACTGTTTGAGTATGGTGGCTTTCCTCCCGAGGCCAACTACTTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG

upper sequence: GRMZM2G041822_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ20637 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
--atgttagtgcatgctctgtaaacttgtcaac-taacaatttgcgatgtacattga-tgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
   ||   |||  |  | | |    |      | || | | ||||  | |   |  | |   | | ||   | |||| ||   |||   |  | |||||    || ||  |||| |||||||| || || ||| |  || | |||||||||||||||| ||| || || || || ||  |||||||||||||||||||||||||
ttttgcccgtgtttattgtctttgttctatggcatagccacttgctctttgtctgaaatttctttggtttctcacgagaagatttttcttcgtgtgcta----gGTGACATCCACGGCCAGTACTCGGATCTCTTGAGACTGTTTGAGTATGGTGGCTTTCCTCCCGAGGCCAACTACTTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37418918|gb|CF647132.1|CF647132
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|76285641|gb|DV025209.1|DV025209
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211249654|gb|FL282181.1|FL282181
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|71444485|gb|DR825535.1|DR825535
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211360737|gb|FL282226.1|FL282226
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211249662|gb|FL282189.1|FL282189
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCA
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCA
EST: gi|211358086|gb|FL282221.1|FL282221
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGAT
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGAT
EST: gi|211249664|gb|FL282191.1|FL282191
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211249659|gb|FL282186.1|FL282186
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GNGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|60349332|gb|DN216305.1|DN216305
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211428092|gb|FL357550.1|FL357550
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|9028572|gb|BE238612.1|BE238612
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251882|gb|FL282194.1|FL282194
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251894|gb|FL282206.1|FL282206
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251892|gb|FL282204.1|FL282204
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTAYTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251891|gb|FL282203.1|FL282203
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGASCCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGT
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGA-CCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGT
EST: gi|211210816|gb|FL334770.1|FL334770
EST:     CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGT
genomic: CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGG-AGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGG-ATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGT
EST: gi|211360735|gb|FL282224.1|FL282224
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|149110555|gb|EE190480.2|EE190480
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|76914143|gb|DV165423.1|DV165423
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|14548419|gb|BI096763.1|BI096763
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|76290168|gb|DV029736.1|DV029736
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|60398504|gb|DN231320.1|DN231320
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211358079|gb|FL282214.1|FL282214
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|93282921|gb|EB675185.1|EB675185
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211358085|gb|FL282220.1|FL282220
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211358082|gb|FL282217.1|FL282217
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251884|gb|FL282196.1|FL282196
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211358073|gb|FL282208.1|FL282208
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|9028570|gb|BE238610.1|BE238610
EST:     CCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|149082701|gb|EE171917.2|EE171917
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211358080|gb|FL282215.1|FL282215
EST:     CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGGCG                         GG-ATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGT
genomic: CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATG-CGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGT
EST: gi|71325608|gb|DR799492.1|DR799492
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|76925041|gb|DV170265.1|DV170265
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211041446|gb|FL359845.1|FL359845
EST:     CTCTCCCAGCCCAAGCCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CTCTCCCAGCCCAA-CCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|67019127|gb|CO447876.1|CO447876
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|71447220|gb|DR828270.1|DR828270
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211249663|gb|FL282190.1|FL282190
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251887|gb|FL282199.1|FL282199
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|9461963|gb|BE453992.1|BE453992
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211251888|gb|FL282200.1|FL282200
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: gi|211523026|gb|FL347006.1|FL347006
EST:     CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCG                         GGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATTAAGATATGCGgtaagagctc ... tgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtacattgatgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG
                                 atttaac  putative branch site (score: 3)
                                       cttctttgct  CT-rich tract
                                 atttaactt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgttagtgcatgctctgtaaacttgtcaactaacaatttgcgatgtacattgatgcatattgtggataacgataaccatttaacttctttgctatgcagGGGATGTCCATGGCCAGTATTCAGACCTCCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTGGGTGACTATGTTGATCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - -tgcatgc
- - - - - - - - - - - - - -caactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgcata