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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatggtcatgctcaatcttatgttatatttatgtcgtgcaacattagtcttttgtttgtgaattttggtttaatacacttatacatctctaatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGTCGTCCACTGCTCCTCTGCAACGTCGTTTGATCTCCTGTGCAGTCTGCAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038667_T02
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71766569|gb|DR964506.1|DR964506
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|71767672|gb|DR965609.1|DR965609
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|149014738|gb|EE044419.2|EE044419
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|101393701|gb|EB818783.1|EB818783
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|211247273|gb|FL044130.1|FL044130
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|148948173|gb|EC893688.2|EC893688
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|149084673|gb|EE174157.2|EE174157
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|89252014|gb|DY623800.1|DY623800
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
EST: gi|148964028|gb|EE015172.2|EE015172
EST:     TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGAC                         CCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT
genomic: TCGGGACCTGGTGTCGGTCTACAGCCAGACAGCAGCAGCAGCAGCGTGACgtgagtcagg ... taatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagtcttttgtttgtgaattttggtttaatacacttatacatctctaatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGTCGTCCACTGCTCCTCTGCAACGTCGTTTGATCTCCTGTGCAGTCTGCAC
                                          ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                       catctct  CT-rich tract
                aattttggtttaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ttatggtcatgctcaatcttatgttatatttatgtcgtgcaacattagtcttttgtttgtgaattttggtttaatacacttatacatctctaatacccagCCTCAAAATCCTAGACCACTACCGTATGGTCCACTGCTCCTTTGCTGGTGTCGTCCACTGCTCCTCTGCAACGTCGTTTGATCTCCTGTGCAGTCTGCAC

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