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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataaaaaaaaaagatacgtaatgcaaatttgactctagctgtttcctgtacagagagcagcatgataatgcttaataaagatacgcaatttgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCCAGCGACCCGGCACTGCGCAGAATGGGCCCGAATCTACTTGAGGTACTGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024733_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71426414|gb|DR807464.1|DR807464
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|71432685|gb|DR813735.1|DR813735
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|88752265|gb|DY536406.1|DY536406
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|71770193|gb|DR968130.1|DR968130
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|71764377|gb|DR962314.1|DR962314
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|94472307|gb|EB701265.1|EB701265
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|38688203|gb|CK145234.1|CK145234
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
EST: gi|76288325|gb|DV027893.1|DV027893
EST:     TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCG                         GTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC
genomic: TCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 3 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 26

CCATCGTCCTCGGGCTCCGGAGAAGGAAGAGCCGCTCTGGCACCAGGTCTTCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCCAGCGACCCGGCACTGCGCAGAATGGGCCCGAATCTACTTGAGGTACTGC


Block sizes: 32 (upstream exon), 30 (downstream exon)
Score: 14

CCATCGTCCTCGGGCTCCGGAGAAGGAAGAGCCGCTCTGGCACCAGGTCTTCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCCAGCGACCCGGCACTGCGCAGAATGGGCCCGAATCTACTTGAGGTACTGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 35

CCATCGTCCTCGGGCTCCGGAGAAGGAAGAGCCGCTCTGGCACCAGGTCTTCGAACCTCCCCTGCCCTGCCCCGCCTCGTCTCCCCCTGTCCCCGTCTCGgtacgtggta ... tgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCCAGCGACCCGGCACTGCGCAGAATGGGCCCGAATCTACTTGAGGTACTGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtacagagagcagcatgataatgcttaataaagatacgcaatttgtgcctcagGTCTGTTGCAGGTATGGGTGTTCTCGGTGGAGCACCTCCTGCAAGCTGCCCAGCGACCCGGCACTGCGCAGAATGGGCCCGAATCTACTTGAGGTACTGC
                        gcttaat  putative branch site (score: 35)
                   ataatgcttaataaa  TA-rich tract