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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtacctttggttgtgttacataaatgcaaatggctgtttcctctgatattcttgtctgtgtctggcatgagacccttacaactgtatctctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTCCATGTACAATGCTGAAAAGATAGGGAAACGTCAGGTCATGATCAGGCCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G018228_T03
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G018228_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA15G10950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
tgtacctttggttgtgttacataaatgcaaatggctgtttcctctgatattcttgtctgtgtctggcatgagacccttacaactgtatctctttgttcagGTAAAAG-GACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTCCATGTACAATGCTGAAAAGATAGGGAAACGTCAGGTCATGATCAGGCCG--------
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------ttcagccattgaaaatggaaaatattgtttgttgtttac-atttgattggcacaatcttggtttatgtcagtgtggttaattcttctgaaatttgtgacagTGACA--ATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAATGCTGAGAAACGGGGGAAGCGCCAGGTCATGATTAGGCCATCCTCAAA

upper sequence: GRMZM2G018228_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA07G38520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
-------------tgtacctttggttgtgttacataaatgcaaat--ggctgtttcctctgatattcttgtctgtgtctggcatgagacccttacaactgtatctctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTCCATGTACAATGCTGAAAAGATAGGGAAACGTCAGGTCATGATCAGGCCG----
             | | |  |   |  |  || |    | | | |  |  ||| |  | || | | |    || |   |   || |     ||    ||   |    ||        |    |  | |||||||||||| || ||||| || |||||||| |||  ||||||||||||||| || |  || || || || ||||||||  ||||     
gtaagattaacactattctctctctcttcataaagtggttccattcggattgtgtgatttggtttacgccgctataattataataaattgtttgattctaattgaaatttgcgtctcagCGAGTGACCATGGTGAGGGTTAGTGTGCTGAACGATGCTCTGAAGAGCATGTACAATGCTGAGAAAAGGGGAAAGCGCCAAGTCATGATTCGGCCATCCT

upper sequence: GRMZM2G018228_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA17G02200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
-------------tgtacctttggttgtgttacataaatgcaaatggctgtttcctctgatattcttgtctgtgtctggcatgagacccttacaactgtatctctttgttcagGT---AAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTCCATGTACAATGCTGAAAAGATAGGGAAACGTCAGGTCATGATCAGGCCG----
             | | |  | | |  |  || ||   | | | | |  || |    |    |||   |  |   ||   || | |  || |    |     |     ||   ||   |    | || |||||||||||| || ||||| || |||||||| |||  ||||||||||||||| || |  || || || || |||||||| |||||     
gtaagattaacattattctctcgatcctcataaattggttccattcggagtgtgtgatttagttcacttacgccgctataataataatctgattgattctaattgaaatttgcgtctcagTGAGTCACCATGGTGAGGGTTAGTGTGCTGAACGATGCTCTGAAGAGCATGTACAATGCTGAGAAAAGGGGAAAGCGCCAAGTCATGATTAGGCCATCCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211228030|gb|FL407505.1|FL407505
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EST: gi|211104196|gb|FL471171.1|FL471171
EST:     CCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAG                         GTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC
genomic: CCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAGgttagtctcc ... ctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC
EST: gi|211129146|gb|FL382948.1|FL382948
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EST: gi|211204244|gb|FL383413.1|FL383413
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EST: gi|211218164|gb|FL429746.1|FL429746
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EST: gi|211529828|gb|FL377033.1|FL377033
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EST: gi|60336800|gb|DN203773.1|DN203773
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EST: gi|211321961|gb|FL423208.1|FL423208
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EST: gi|211321969|gb|FL423216.1|FL423216
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EST: gi|9953543|gb|BE640126.1|BE640126
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EST: gi|211527287|gb|FL400204.1|FL400204
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EST: gi|211162862|gb|FL391039.1|FL391039
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EST: gi|37396552|gb|CF635568.1|CF635568
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EST: gi|211079201|gb|FL387323.1|FL387323
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EST: gi|15427199|gb|BI543021.1|BI543021
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EST: gi|60345117|gb|DN212090.1|DN212090
EST:     CTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAG                         GTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC
genomic: CTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAGgttagtctcc ... ctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC
EST: gi|211189316|gb|FL380840.1|FL380840
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genomic: GAGCCCCCCGCCGCCGCTGCGCCCTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAGgttagtctcc ... ctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC
EST: gi|211390612|gb|FL418021.1|FL418021
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EST: gi|211488682|gb|FL428187.1|FL428187
EST:     GAGCCCCCCGCCGCCGCTGCGCCCTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAG                         GTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAAT
genomic: GAGCCCCCCGCCGCCGCTGCGCCCTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAGgttagtctcc ... ctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAAT
EST: gi|211381953|gb|FL383988.1|FL383988
EST:     GAGCCCCCCGCCGCCGCTGCGCCCTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAG                         GTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC
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genomic: GAGCCCCCCGCCGCCGCTGCGCCCTCCTCTCGGTCCTGCCGTCCGTCGAGgttagtctcc ... ctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatattcttgtctgtgtctggcatgagacccttacaactgtatctctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTCCATGTACAATGCTGAAAAGATAGGGAAACGTCAGGTCATGATCAGGCCG
                            cccttac  putative branch site (score: 3)
                                          tctctttgttc  putative PPT
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtacctttggttgtgttacataaatgcaaatggctgtttcctctgatattcttgtctgtgtctggcatgagacccttacaactgtatctctttgttcagGTAAAAGGACAGCATGGTGAGGGTCAGCGTGCTCAATGATGCTCTCAAGTCCATGTACAATGCTGAAAAGATAGGGAAACGTCAGGTCATGATCAGGCCG

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- - - -ttggttg
- - - - - - - - - - - -aatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - ggctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatc