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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggttacgaatccgcgcgccttgttttcgattttagttcttcccttttggttgcccgtcggccatcgggcgcgcgggcggccgattcctgccgctcctaattcgttggatttcgatctgttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGACAGATTTGCCGTCCTCTCGGGTTCCGCCGTGCGGTGCTGAATCCTCCTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017624_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71314063|gb|DR793650.1|DR793650
EST:     TGGCAGAAGAGNNNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: TGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
EST: gi|32869158|gb|CF008840.1|CF008840
EST:     TGGCAGAAGAG-NNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: TGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
EST: gi|76917886|gb|DV167057.1|DV167057
EST:     TGGCAGAAGAG-NNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: TGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
EST: gi|211102933|gb|FL076724.1|FL076724
EST:     TGGCAGAAGAGNNNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: TGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
EST: gi|91049284|gb|EB159702.1|EB159702
EST:     TGGCAGAAGAGNNNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: TGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
EST: gi|149032597|gb|EE154932.2|EE154932
EST:     GGCAGAAGAGNNNNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: GGCAGAAGAG-AAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
EST: gi|89250818|gb|DY622604.1|DY622604
EST:     TGGCAGAAGAGNNNNNNNNNGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTG                         GTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA
genomic: TGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 559

ACATATCATTACCGCTCCTCTTCCTCACCTATGCTTGTCCTCTAACTCATTGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGACAGATTTGCCGTCCTCTCGGGTTCCGCCGTGCGGTGCTGAATCCTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 342

ACATATCATTACCGCTCCTCTTCCTCACCTATGCTTGTCCTCTAACTCATTGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGACAGATTTGCCGTCCTCTCGGGTTCCGCCGTGCGGTGCTGAATCCTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 206

ACATATCATTACCGCTCCTCTTCCTCACCTATGCTTGTCCTCTAACTCATTGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGACAGATTTGCCGTCCTCTCGGGTTCCGCCGTGCGGTGCTGAATCCTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 804

ACATATCATTACCGCTCCTCTTCCTCACCTATGCTTGTCCTCTAACTCATTGGCAGAAGAGAAAAAAAAAGTCCTTGTTGAGTTGTTGTATCGGGTTCTGgtatggttac ... gttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGACAGATTTGCCGTCCTCTCGGGTTCCGCCGTGCGGTGCTGAATCCTCCTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgggcggccgattcctgccgctcctaattcgttggatttcgatctgttcttgcagGTGGTGACTGTTACTGGGGTTTCCTTGCCCGGTTCTTGATTTGCGCAAGGACAGATTTGCCGTCCTCTCGGGTTCCGCCGTGCGGTGCTGAATCCTCCTT
                     tcctaat  putative branch site (score: 804)
                                          tctgttctt  putative PPT
                        taatt  TA-rich tract