1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agtaaccttgatgttagtgcatgctttgtaaactcgtcaattaacaaaatggatgcattaatgtggataatgataatcatttaacttctttactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTCGGTGACTATGTTGATAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G016930_T01 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211353320|gb|FL166633.1|FL166633
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211353311|gb|FL166624.1|FL166624
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211355712|gb|FL166638.1|FL166638
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|76913252|gb|DV165042.1|DV165042
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211353312|gb|FL166625.1|FL166625
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|31354085|gb|CD438442.1|CD438442
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|26558081|gb|CA830316.1|CA830316
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211517893|gb|FL138463.1|FL138463
genomic: CAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|31356078|gb|CD440435.1|CD440435
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|149031761|gb|EE286377.2|EE286377
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTTAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211355718|gb|FL166644.1|FL166644
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|148960036|gb|EE153278.2|EE153278
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211350913|gb|FL166620.1|FL166620
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|88757252|gb|DY541393.1|DY541393
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|91871210|gb|EB401299.1|EB401299
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|74241335|gb|DT649249.1|DT649249
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211353315|gb|FL166628.1|FL166628
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGGCG GG-ATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTEST: gi|211350907|gb|FL166614.1|FL166614
genomic: CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATG-CGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGT
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|71329876|gb|DR801655.1|DR801655
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211353321|gb|FL166634.1|FL166634
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|149103251|gb|EE288623.2|EE288623
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211353322|gb|FL166635.1|FL166635
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|71438385|gb|DR819435.1|DR819435
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCACTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGGGEST: gi|211353310|gb|FL166623.1|FL166623
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|76918505|gb|DV167327.1|DV167327
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211355714|gb|FL166640.1|FL166640
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211350905|gb|FL166612.1|FL166612
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATAATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTTGAGTATGGEST: gi|74241314|gb|DT649228.1|DT649228
genomic: CTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATA-TGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTT-GAGTATGG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|71449915|gb|DR830965.1|DR830965
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|21987239|gb|BQ778767.1|BQ778767
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGGGEST: gi|76283497|gb|DV023065.1|DV023065
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211350910|gb|FL166617.1|FL166617
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTEST: gi|211353313|gb|FL166626.1|FL166626
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGT
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|211355711|gb|FL166637.1|FL166637
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGEST: gi|78082140|gb|DV510552.1|DV510552
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
EST: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCG GGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
genomic: CCTCTCCCAGCCCAACCTCCTGGAGCTCGAGGCCCCCATCAAGATATGCGgtaagagcgc ... tactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTG
aaaatggatgcattaatgtggataatgataatcatttaacttctttactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTCGGTGACTATGTTGATAG
atttaac putative branch site (score: 3)
cttctttact CT-rich tract
ataatgataatcattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtaaccttgatgttagtgcatgctttgtaaactcgtcaattaacaaaatggatgcattaatgtggataatgataatcatttaacttctttactatgcagGGGATGTCCATGGTCAGTATTCAGACCTTCTTCGATTATTTGAGTATGGTGGCTATCCACCAGATGCAAATTATCTGTTCCTCGGTGACTATGTTGATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG